Лаборатория биоинформатики

Добро пожаловать в Лабораторию Биоинформационных Исследований! Работает в составе факультета биоинформатики

Исследования

Необходимые знания

Есть много объективных причин, чтобы считать молекулярное моделирование одной из сложнейших областей исследования. Дело в том, что требуются междисциплинарные знания. Для того чтобы что-то сделать одному необходимо уметь программировать и понимать молекулярные процессы. При этом молекулярные процессы описываются достаточно сложной физикой, куда вовлекаются термодинамика и квантовая физика. А большие объемы вычислений и сложность моделирования требуют понимания принципов и подходов компьютерного моделирования.

Но в данном курсе мы попробуем показать, что можно получить серьезные результаты, зная лишь определенный минимум и не имея профильного образования ни в биологии, ни в физике, ни в химии. Единственно желательными являются некоторые навыки программирования, достаточные для того чтобы выполнить наши последующие указания.

Но мы нуждаемся в помощи людей, которые имели непосредственный опыт. Поэтому мы будем рады любой помощи и уточнениям, просим высказывать их на странице обсуждения.

Поэтому весь наш материал должен быть понятен школьнику старших классов, но результаты нашей работы должны быть уровня профессионального исследователя в этой области. Мы надеемся, что наш проект не останется незамеченным специалистами и они помогут осуществить цели нашего проекта.

«Геном прокариот» (проект)
«Трехмерные структуры РНК» (проект) • используется Молекулярное моделирование
- RNAFoldingAI - программное обеспечение молекулярного моделирования РНК, с элементами искусственного интеллекта, разрабатываемое в Викиверситете

Частные задачи

Молекулярное моделирование:
- Энергия связей аденин-урацил в РНК
- Моделирование вращения нуклеотидов в РНК

Планируется

Показать связь биоинформатики и искусственного интеллекта
- Геномика бросает вызов искусственному интеллекту

Состав лаборатории

Лаборатория биоинформатики/Состав

Ваши пожелания/интересы

Расскажите здесь, что бы вы хотели узнать, что уже знаете, что вас интересует, готовы ли вы подготовить обучающие материалы, участвовать в исследовательских проектах ...

Пока собираю группу заинтересованных в Биоинформатике людей ... как только они появится — есть целый ряд, что можно было бы исследовать и тогда я готов дать все необходимые для этого знания ... кроме того сам постоянно учусь (я любитель, а не специалист) — поэтому нуждаюсь в информации от знающих людей ... S.J. 12:57, 4 October 2009 (UTC)
Мне очень хочется изучить данную область, так что я готова помогать в силу возможностей. Я считаю, что для начала можно было бы оттолкнуться от программы курсов факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ им. М.В.Ломоносова. — Эта реплика добавлена участником Ecce femina (о · в)
На факультете биоинформатики я завел соответствующие темы, если у вас есть информация, то пополняйте. Здесь же мы занимаемся практикой, для начала прочтите Молекулярное моделирование, и попробуйте сделать, что там написано. Затем ознакомьтесь с RNAFoldingAI, а так же «Геном прокариот» (проект). Выберите какая из тем вас больше интересует. Далее пишите в обсуждение, обсудим как можно было бы скоординировать усилия. S.J. 19:09, 28 марта 2010 (UTC)
а можно присоединится к этой сфере тоже? думаю вы уже имеете какие-то представления о моих возможностях.. =D Или до этого мне ещё очень рано? George 11:19, 16 апреля 2010 (UTC)
В принципе можно, но все же давайте закончим с чем нибудь одним, а то все поначинали и пока еще ничего не закончили. Мне вот нужно сделать кластеризацию некоторых данных, но Вы ведь еще не выучили это на ИИ-факультете, да и запрограммировать его тоже не уверен, что сможете без постороней помощи ... поэтому все понемногу ... не то, чтобы сложно, но я все-таки угробил 5 лет только на самостоятельную подготовку по био, не считая законченного универа по ИИ ... поэтому не спешите. Вы хорошо начали, главное быстро "не выдохнутся" .. S.J. 12:38, 16 апреля 2010 (UTC)
да, я тоже заметил что для изучения С + перцептрон, там ещё и непредвиденные мною ошибки запусков програм каторые я самостоятельно одолеть не смог, мне нужно перестроить своё прежднее расписание а то всё и сразу в голову лезет но переварится не может... )Респект вашим угробленым годам, мы их обязательно оправдаем и я буду тамже... Чем более интересным или полезным можно заниматься, когда в обсалютно свободном режиме предоставляется такой объём информации...) George 12:52, 16 апреля 2010 (UTC)
Я программист, био{информатического}образования не имею, но к нему стремлюсь :) По этой теме занят в двух opensource проектах: BioCaml (общая библиотека на OCaml) и Biskit (библиотека для работы со структурой белков на Python). Интересно было бы поучаствовать тут. Clayrat 14:29, 27 июля 2010 (UTC)
Может Вы расскажите о тех проектах в которых Вы участвовали, опишите их ? Ознакомьтесь с RNAFoldingAI, а так же «Геном прокариот» (проект). Выберите какая из тем вас больше интересует. Далее пишите в обсуждение, обсудим как можно было бы скоординировать усилия. S.J. 16:06, 27 июля 2010 (UTC)
Имею опыт анализа структуры белка в приложении к школьной биологии и информатике на базе СУНЦ МГУ. Было бы интересно попытаться скоординировать с Вашим опытом работы с РНК olkol 19:18, 1 декабря 2010 (UTC)
Очень хорошо, Вы можете вначале изложить ваш опыт в отдельной статье, тогда было бы с чего стартовать. S.J. 09:39, 2 декабря 2010 (UTC)
Тем временем, статья была написана, и даже опубликована. См. Колясников О.В. Биоинформатика в современной школе. Потенциал. Химия. Биология. Медицина. 2011. №4. стр. 68-73. olkol 18:23, 18 сентября 2011 (UTC)
К сожалению, эта статья не доступна в интернете. Может можете ее разместить. --SSJ 07:02, 16 декабря 2011 (UTC)
Учусь на биофаке и давно слышу о биоинформатике, но до сих пор не могу получить внятного ответа на вопрос, чем эта наука занимается? Кроме как сравнивает последовательности белков и нуклеиновых кислот. Знаю что это очень всотребованно, перспективно, актуально, самая развивающаяся наука и т.д. и т.п. Так же представляю себе моделирование и проектирование сложных белковых структур с предсказанием их биологических свойств, но это по сути тоже вода. Мне бионформатика интересна и поэтому хочу записать на факультут биоинформатики и узначть максимум нового, но не понимаю как это сделать. Wish 17:42, 4 января 2011 (UTC)
Как видите наше сообщество только организуется. Чтобы нам помочь ненужно ничего специально-формально делать. Расскажите какие темы вас наиболее интересуют, что вы сами можете нам рассказать по этой тематике. Посмотрите проект RNAInSpace - что вы думаете об этом ? S.J. 21:51, 5 января 2011 (UTC)

представляю себе моделирование и проектирование сложных белковых структур с предсказанием их биологических свойств - вот от сюда поподробнее :) Как Вы себе это представляете, и почему "вода" ? --S.J. 01:10, 6 января 2011 (UTC)

См. также