Материалы:NC 004431

Вы находитесь в Инкубаторе

Это исходный материал (как правило загружен ботом)

Эта статья — часть материалов: лаборатории Биоинформатика, исследовательского проекта «Геном прокариот»

   LOCUS       NC_004431            5231428 bp    DNA     circular BCT 04-APR-2006
   DEFINITION  Escherichia coli CFT073, complete genome.
   ACCESSION   NC_004431
   VERSION     NC_004431.1  GI:26245917
   KEYWORDS    .
   SOURCE      Escherichia coli CFT073
     ORGANISM  Escherichia coli CFT073
               Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales;
               Enterobacteriaceae; Escherichia.
   REFERENCE   1  (bases 1 to 5231428)
     AUTHORS   Welch,R.A., Burland,V., Plunkett,G.D. III, Redford,P., Roesch,P.,
               Rasko,D.A., Buckles,E.L., Liou,S.-R., Boutin,A., Hackett,J.,
               Stroud,D., Mayhew,G.F., Rose,D.J., Zhou,S., Schwartz,D.C.,
               Perna,N.T., Mobley,H.L.T., Donnenberg,M.S. and Blattner,F.R.
     TITLE     Extensive mosaic structure revealed by the complete genome sequence
               of uropathogenic Escherichia coli
     JOURNAL   Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26), 17020-17024 (2002)
      PUBMED   12471157
   REFERENCE   2  (bases 1 to 5231428)
     CONSRTM   NCBI Genome Project
     TITLE     Direct Submission
     JOURNAL   Submitted (10-SEP-2004) National Center for Biotechnology
               Information, NIH, Bethesda, MD 20894, USA
   REFERENCE   3  (bases 1 to 5231428)
     AUTHORS   Welch,R.A., Burland,V., Plunkett,G.D. III, Redford,P., Roesch,P.,
               Rasko,D.A., Buckles,E.L., Liou,S.-R., Boutin,A., Hackett,J.,
               Stroud,D., Mayhew,G.F., Rose,D.J., Zhou,S., Schwartz,D.C.,
               Perna,N.T., Mobley,H.L.T., Donnenberg,M.S. and Blattner,F.R.
     TITLE     Direct Submission
     JOURNAL   Submitted (20-JUN-2002) Genetics Laboratory, University of
               Wisconsin - Madison, 445 Henry Mall, Madison, WI 53706, USA
   COMMENT     PROVISIONAL REFSEQ: This record has not yet been subject to final
               NCBI review. The reference sequence was derived from AE014075.
               COMPLETENESS: full length.

Расположение РНК править

Начало	Конец	Направление	Длина	PID	Ген	COG	Комментарий
235186	236727	+	1542	26245917	c5600	-	16S ribosomal RNA
236813	236889	+	77	26245917	c5511	-	^{04 Glu tRNA}
236902	236976	+	75	26245917	c5512	-	^{02 Ala tRNA}
237160	240063	+	2904	26245917	c5601	-	23S ribosomal RNA
240157	240276	+	120	26245917	c5602	-	5S ribosomal RNA
240329	240405	+	77	26245917	c5513	-	^{06 Asp tRNA}
248554	248630	+	77	26245917	c5514	-	^{06 Asp tRNA}
271999	272136	+	138	26245917	c5503	-	4.5S RNA
370224	370299	+	76	26245917	c5515	-	^{12 Thr tRNA}
434982	435062	+	81	26245917	c5516	-	Xaa tRNA
627071	627147	+	77	26245917	c5517	-	^{11 Arg tRNA}
729302	729376	-	75	26245917	c5518	-	^{05 Gln tRNA}
729414	729488	-	75	26245917	c5519	-	^{05 Gln tRNA}
729537	729613	-	77	26245917	c5520	-	^{16 Met tRNA}
729629	729703	-	75	26245917	c5521	-	^{05 Gln tRNA}
729738	729812	-	75	26245917	c5522	-	^{05 Gln tRNA}
729836	729920	-	85	26245917	c5523	-	^{15 Leu tRNA}
729931	730007	-	77	26245917	c5524	-	^{16 Met tRNA}
803225	803300	+	76	26245917	c5525	-	^{10 Lys tRNA}
803336	803411	+	76	26245917	c5526	-	^{13 Val tRNA}
803414	803489	+	76	26245917	c5527	-	^{10 Lys tRNA}
803541	803616	+	76	26245917	c5528	-	^{13 Val tRNA}
803620	803695	+	76	26245917	c5529	-	^{10 Lys tRNA}
803744	803819	+	76	26245917	c5530	-	^{10 Lys tRNA}
803853	803928	+	76	26245917	c5531	-	^{10 Lys tRNA}
980013	980100	-	88	26245917	c5532	-	^{08 Ser tRNA}
1051024	1051076	-	53	26245917	c5504	-	DicF antisense RNA
1075414	1075501	-	88	26245917	c5533	-	^{08 Ser tRNA}
1211152	1211228	+	77	26245917	c5534	-	^{11 Arg tRNA}
1241062	1241149	-	88	26245917	c5535	-	^{08 Ser tRNA}
1342304	1342379	+	76	26245917	c5536	-	^{16 Met tRNA}
1342387	1342463	+	77	26245917	c5537	-	^{11 Arg tRNA}
1342477	1342553	+	77	26245917	c5538	-	^{11 Arg tRNA}
1532391	1532475	-	85	26245917	c5539	-	^{18 Tyr tRNA}
1532509	1532593	-	85	26245917	c5540	-	^{18 Tyr tRNA}
1895941	1896025	-	85	26245917	c5505	-	anti-sense RNA silencer of rcsA gene
1902573	1902649	+	77	26245917	c5541	-	^{13 Val tRNA}
1902654	1902730	+	77	26245917	c5542	-	^{13 Val tRNA}
2140492	2140578	-	87	26245917	c5543	-	^{15 Leu tRNA}
2140591	2140664	-	74	26245917	c5544	-	^{19 Cys tRNA}
2140718	2140793	-	76	26245917	c5545	-	^{01 Gly tRNA}
2216841	2216930	-	90	26245917	c5546	-	^{08 Ser tRNA}
2217922	2217997	+	76	26245917	c5547	-	^{07 Asn tRNA}
2258516	2258591	-	76	26245917	c5548	-	^{07 Asn tRNA}
2260925	2261000	-	76	26245917	c5549	-	^{07 Asn tRNA}
2262749	2262824	+	76	26245917	c5550	-	^{07 Asn tRNA}
2576748	2576824	+	77	26245917	c5551	-	^{03 Pro tRNA}
2746725	2746799	+	75	26245917	c5552	-	^{11 Arg tRNA}
2799076	2799151	-	76	26245917	c5553	-	^{02 Ala tRNA}
2799191	2799266	-	76	26245917	c5554	-	^{02 Ala tRNA}
2801965	2802040	+	76	26245917	c5555	-	^{13 Val tRNA}
2802084	2802159	+	76	26245917	c5556	-	^{13 Val tRNA}
2802206	2802281	+	76	26245917	c5557	-	^{13 Val tRNA}
2802286	2802361	+	76	26245917	c5558	-	^{10 Lys tRNA}
2988760	2988879	-	120	26245917	c5615	-	5S ribosomal RNA
2988973	2991877	-	2905	26245917	c5616	-	23S ribosomal RNA
2992062	2992137	-	76	26245917	c5559	-	^{04 Glu tRNA}
2992309	2993859	-	1551	26245917	c5617	-	16S ribosomal RNA
3070879	3071061	+	183	26245917	c5508	-	6S RNA
3100380	3100456	-	77	26245917	c5560	-	^{11 Arg tRNA}
3100520	3100596	-	77	26245917	c5561	-	^{11 Arg tRNA}
3100659	3100735	-	77	26245917	c5562	-	^{11 Arg tRNA}
3100798	3100874	-	77	26245917	c5563	-	^{11 Arg tRNA}
3100939	3101015	-	77	26245917	c5564	-	^{11 Arg tRNA}
3101019	3101111	-	93	26245917	c5565	-	^{08 Ser tRNA}
3222091	3222167	+	77	26245917	c5566	-	^{16 Met tRNA}
3222201	3222277	+	77	26245917	c5567	-	^{16 Met tRNA}
3222311	3222387	+	77	26245917	c5568	-	^{16 Met tRNA}
3295426	3295499	-	74	26245917	c5569	-	^{01 Gly tRNA}
3406225	3406300	+	76	26245917	c5570	-	^{17 Phe tRNA}
3426479	3426855	-	377	26245917	c5509	-	RNase P, RNA component
3656193	3656268	+	76	26245917	c5571	-	^{16 Met tRNA Неверная идентификация}
3751846	3751922	-	77	26245917	c5572	-	^{16 Met tRNA}
3755703	3755789	-	87	26245917	c5573	-	^{15 Leu tRNA}
3855028	3855140	-	113	26245917	c5618	-	5S ribosomal RNA
3855236	3858140	-	2905	26245917	c5619	-	23S ribosomal RNA
3858429	3858504	-	76	26245917	c5574	-	^{04 Glu tRNA}
3858590	3860131	-	1542	26245917	c5620	-	16S ribosomal RNA
4147653	4147729	-	77	26245917	c5575	-	^{03 Pro tRNA}
4274308	4274398	+	91	26245917	c5576	-	Sec tRNA
4294331	4294439	+	109	26245917	c5510	-	spot 42 RNA
4442840	4444382	+	1543	26245917	c5603	-	16S ribosomal RNA
4444468	4444543	+	76	26245917	c5577	-	^{04 Glu tRNA}
4444737	4447644	+	2908	26245917	c5604	-	23S ribosomal RNA
4447738	4447857	+	120	26245917	c5605	-	5S ribosomal RNA
4447909	4447985	+	77	26245917	c5578	-	^{06 Asp tRNA}
4447994	4448069	+	76	26245917	c5579	-	^{20 Trp tRNA}
4482539	4482615	+	77	26245917	c5580	-	^{11 Arg tRNA}
4482673	4482749	+	77	26245917	c5581	-	^{09 His tRNA}
4482770	4482856	+	87	26245917	c5582	-	^{15 Leu tRNA}
4482899	4482975	+	77	26245917	c5583	-	^{03 Pro tRNA}
4561194	4562736	+	1543	26245917	c5606	-	16S ribosomal RNA
4562805	4562881	+	77	26245917	c5584	-	^{14 Ile tRNA}
4562924	4562999	+	76	26245917	c5585	-	^{02 Ala tRNA}
4563174	4566081	+	2908	26245917	c5607	-	23S ribosomal RNA
4566175	4566294	+	120	26245917	c5608	-	5S ribosomal RNA
4699063	4700613	+	1551	26245917	c5609	-	16S ribosomal RNA
4700785	4700860	+	76	26245917	c5586	-	^{04 Glu tRNA}
4701054	4703957	+	2904	26245917	c5610	-	23S ribosomal RNA
4704051	4704170	+	120	26245917	c5611	-	5S ribosomal RNA
4707636	4707711	+	76	26245917	c5587	-	^{12 Thr tRNA}
4707720	4707804	+	85	26245917	c5588	-	^{18 Tyr tRNA}
4707921	4707995	+	75	26245917	c5589	-	^{01 Gly tRNA}
4708002	4708077	+	76	26245917	c5590	-	^{12 Thr tRNA}
4739329	4740870	+	1542	26245917	c5612	-	16S ribosomal RNA
4740956	4741031	+	76	26245917	c5591	-	^{04 Glu tRNA}
4741226	4744132	+	2907	26245917	c5613	-	23S ribosomal RNA
4744226	4744345	+	120	26245917	c5614	-	5S ribosomal RNA
4971585	4971660	-	76	26245917	c5592	-	^{17 Phe tRNA}
5000526	5000601	+	76	26245917	c5593	-	^{01 Gly tRNA}
5000638	5000713	+	76	26245917	c5594	-	^{01 Gly tRNA}
5000749	5000824	+	76	26245917	c5595	-	^{01 Gly tRNA}
5115342	5115426	+	85	26245917	c5596	-	^{15 Leu tRNA}
5195068	5195154	-	87	26245917	c5597	-	^{15 Leu tRNA}
5195189	5195275	-	87	26245917	c5598	-	^{15 Leu tRNA}
5195304	5195390	-	87	26245917	c5599	-	^{15 Leu tRNA}