Материалы:NC 006511

Вы находитесь в Инкубаторе

Это исходный материал (как правило загружен ботом)

Эта статья — часть материалов: лаборатории Биоинформатика, исследовательского проекта «Геном прокариот»

   LOCUS       NC_006511            4585229 bp    DNA     circular BCT 03-DEC-2005
   DEFINITION  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Paratyphi A str. ATCC 9150, complete genome.
   ACCESSION   NC_006511
   VERSION     NC_006511.1  GI:56412276
   KEYWORDS    .
   SOURCE      Salmonella enterica subsp. enterica serovar Paratyphi A str. ATCC 9150
     ORGANISM  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Paratyphi A str. ATCC 9150
               Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales;
               Enterobacteriaceae; Salmonella.
   REFERENCE   1  (bases 1 to 4585229)
     AUTHORS   McClelland,M., Sanderson,K.E., Clifton,S.W., Latreille,P.,
               Porwollik,S., Sabo,A., Meyer,R., Bieri,T., Ozersky,P., McLellan,M.,
               Harkins,C.R., Wang,C., Nguyen,C., Berghoff,A., Elliott,G.,
               Kohlberg,S., Strong,C., Du,F., Carter,J., Kremizki,C., Layman,D.,
               Leonard,S., Sun,H., Fulton,L., Nash,W., Miner,T., Minx,P.,
               Delehaunty,K., Fronick,C., Magrini,V., Nhan,M., Warren,W.,
               Florea,L., Spieth,J. and Wilson,R.K.
     TITLE     Comparison of genome degradation in Paratyphi A and Typhi,
               human-restricted serovars of Salmonella enterica that cause typhoid
     JOURNAL   Nat. Genet. 36 (12), 1268-1274 (2004)
      PUBMED   15531882
   REFERENCE   2  (bases 1 to 4585229)
     CONSRTM   NCBI Genome Project
     TITLE     Direct Submission
     JOURNAL   Submitted (08-DEC-2004) National Center for Biotechnology
               Information, NIH, Bethesda, MD 20894, USA
   REFERENCE   3  (bases 1 to 4585229)
     AUTHORS   McClelland,M., Sanderson,K.E., Clifton,S.W., Latreille,P.,
               Porwollik,S., Sabo,A., Meyer,R., Bieri,T., Ozersky,P., McLellan,M.,
               Harkins,R., Wang,C., Nguyen,C., Burghoff,A., Elliott,G.,
               Kohlberg,S., Strong,C., Ali,J., Dante,M., Du,F., Layman,D.,
               Leonard,S., Sun,H., Fulton,L., Nash,W., Miner,T., Delehaunty,K.,
               Fronick,C., Florea,L., Spieth,J., Nhan,M. and Wilson,R.K.
     TITLE     Direct Submission
     JOURNAL   Submitted (01-OCT-2004) Genome Sequencing Center, Washington
               University, 4444 Forest Park Ave., St. Louis, MO 63108, USA
   COMMENT     PROVISIONAL REFSEQ: This record has not yet been subject to final
               NCBI review. The reference sequence was derived from CP000026.
               COMPLETENESS: full length.

Расположение РНК править

Начало	Конец	Направление	Длина	PID	Ген	COG	Комментарий
258278	258416	+	139	56412276	SPA0222	-	t44; sRNA gene
293322	294867	+	1546	56412276	SPA0256	-	16S ribosomal RNA
294932	295005	+	74	56412276	SPA0257	-	^{14 Ile tRNA}
295118	295190	+	73	56412276	SPA0258	-	^{02 Ala tRNA}
295377	298280	+	2904	56412276	SPA0259	-	23S ribosomal RNA
298375	298496	+	122	56412276	SPA0261	-	5S ribosomal RNA
338818	338966	+	149	56412276	SPA0301	-	tke1; sRNA gene
371264	371557	-	294	56412276	SPA0332	-	ryfA; sRNA gene
511051	511123	-	73	56412276	SPA0442	-	^{10 Lys tRNA}
511131	511203	-	73	56412276	SPA0443	-	^{13 Val tRNA}
511248	511320	-	73	56412276	SPA0444	-	^{13 Val tRNA}
511369	511441	-	73	56412276	SPA0445	-	^{13 Val tRNA}
514147	514219	+	73	56412276	SPA0449	-	^{02 Ala tRNA}
542019	542090	-	72	56412276	SPA0470	-	^{11 Arg tRNA}
678264	678620	-	357	56412276	SPA0596	-	micF RNA gene
700300	700366	-	67	56412276	SPA0621	-
824722	824858	-	137	56412276	SPA0740	-	tp8; sRNA
949756	949828	-	73	56412276	SPA0858	-	^{07 Asn tRNA}
951587	951659	+	73	56412276	SPA0860	-	^{07 Asn tRNA}
955022	955094	-	73	56412276	SPA0865	-	^{07 Asn tRNA}
955645	955717	-	73	56412276	SPA0868	-	^{07 Asn tRNA}
956704	956790	+	87	56412276	SPA0870	-	^{08 Ser tRNA}
970205	970285	-	81	56412276	SPA0885	-	dsrA RNA gene
1002560	1002632	+	73	56412276	SPA0925	-	^{01 Gly tRNA}
1002688	1002758	+	71	56412276	SPA0926	-	^{19 Cys tRNA}
1002773	1002856	+	84	56412276	SPA0927	-	^{15 Leu tRNA}
1188501	1188621	-	121	56412276	SPA1114	-	rtT RNA gene
1188676	1188796	-	121	56412276	SPA1115	-	rtT RNA gene
1188851	1188971	-	121	56412276	SPA1116	-	rtT RNA gene
1189026	1189146	-	121	56412276	SPA1117	-	rtT RNA gene
1189201	1189321	-	121	56412276	SPA1118	-	rtT RNA gene
1189381	1189462	-	82	56412276	SPA1119	-	^{18 Tyr tRNA}
1189500	1189581	-	82	56412276	SPA1120	-	^{18 Tyr tRNA}
1296971	1297044	+	74	56412276	SPA1229	-	C0343; sRNA gene
1303435	1303545	+	111	56412276	SPA1235	-	IS063; sRNA gene
1510488	1510561	+	74	56412276	SPA1429	-	^{13 Val tRNA}
1510575	1510648	+	74	56412276	SPA1430	-	^{13 Val tRNA}
1562118	1562184	-	67	56412276	SPA1487	-	rydB; sRNA gene
1567673	1567779	-	107	56412276	SPA1492	-	rprA; sRNA gene
1645915	1645987	+	73	56412276	SPA1572	-	sraI; sRNA gene
1653142	1653215	-	74	56412276	SPA1584	-	^{11 Arg tRNA}
1663379	1663452	-	74	56412276	SPA1597	-	^{11 Arg tRNA}
1724955	1725120	-	166	56412276	SPA1662	-	sraB; sRNA gene
1774048	1774132	+	85	56412276	SPA1717	-	^{08 Ser tRNA}
1822918	1823002	-	85	56412276	SPA1764	-	^{08 Ser tRNA}
1925006	1925090	+	85	56412276	SPA1849	-	^{08 Ser tRNA}
2070950	2071022	-	73	56412276	SPA1988	-	^{10 Lys tRNA}
2071161	2071233	-	73	56412276	SPA1989	-	^{10 Lys tRNA}
2071379	2071451	-	73	56412276	SPA1990	-	^{10 Lys tRNA}
2071458	2071530	-	73	56412276	SPA1991	-	^{13 Val tRNA}
2071670	2071742	-	73	56412276	SPA1992	-	^{10 Lys tRNA}
2152041	2152114	+	74	56412276	SPA2062	-	^{16 Met tRNA}
2152128	2152209	+	82	56412276	SPA2063	-	^{15 Leu tRNA}
2152236	2152307	+	72	56412276	SPA2064	-	^{05 Gln tRNA}
2152346	2152417	+	72	56412276	SPA2065	-	^{05 Gln tRNA}
2152436	2152509	+	74	56412276	SPA2066	-	^{16 Met tRNA}
2152559	2152630	+	72	56412276	SPA2067	-	^{05 Gln tRNA}
2152677	2152748	+	72	56412276	SPA2068	-	^{05 Gln tRNA}
2260936	2261009	-	74	56412276	SPA2172	-	^{11 Arg tRNA}
2348922	2349059	-	138	56412276	SPA2255	-	4.5S_RNA
2527600	2527672	-	73	56412276	SPA2432	-	^{12 Thr tRNA}
2604686	2604759	-	74	56412276	SPA2504	-	^{06 Asp tRNA}
2614126	2614199	-	74	56412276	SPA2515	-	^{06 Asp tRNA}
2614386	2614508	-	123	56412276	SPA2516	-	5S ribosomal RNA
2614703	2617610	-	2908	56412276	SPA2517	-	23S ribosomal RNA
2617807	2617879	-	73	56412276	SPA2519	-	^{04 Glu tRNA}
2617962	2619506	-	1545	56412276	SPA2520	-	16S ribosomal RNA
2661644	2662110	+	467	56412276	SPA2552	-	10Sa_RNA
2782679	2782754	+	76	56412276	SPA2676	-	sraD; sRNA gene
2785623	2785696	-	74	56412276	SPA2680	-	^{11 Arg tRNA}
2785762	2785835	-	74	56412276	SPA2681	-	^{11 Arg tRNA}
2785900	2785973	-	74	56412276	SPA2682	-	^{11 Arg tRNA}
2785980	2786069	-	90	56412276	SPA2683	-	^{08 Ser tRNA}
2907715	2907813	-	99	56412276	SPA2808	-	IS092; sRNA gene
2934332	2934686	+	355	56412276	SPA2830	-	csrB; sRNA gene
2952947	2953151	+	205	56412276	SPA2847	-	gcvB; sRNA gene
2958694	2958767	+	74	56412276	SPA2854	-	^{16 Met tRNA}
2958800	2958873	+	74	56412276	SPA2855	-	^{16 Met tRNA}
2987955	2988041	-	87	56412276	SPA2876	-	sraE; sRNA gene
2987961	2988049	-	89	56412276	SPA2877	-	rygB; sRNA gene
3015045	3015115	-	71	56412276	SPA2905	-	^{01 Gly tRNA}
3039718	3039900	+	183	56412276	SPA2930	-	ssrS; sRNA gene
3040570	3040713	+	144	56412276	SPA2932	-	tp8; sRNA gene
3085505	3085577	+	73	56412276	SPA2979	-	^{17 Phe tRNA}
3189462	3189534	+	73	56412276	SPA3081	-	^{16 Met tRNA}
3202526	3202712	+	187	56412276	SPA3092	-	sraF; sRNA gene
3224909	3225283	+	375	56412276	SPA3115	-	rnpB RNA gene
3260192	3260361	+	170	56412276	SPA3150	-	sraG; sRNA gene
3267261	3267334	-	74	56412276	SPA3157	-	^{16 Met tRNA}
3269222	3269305	-	84	56412276	SPA3159	-	^{15 Leu tRNA}
3297846	3297950	+	105	56412276	SPA3195	-	sraH; sRNA gene
3373135	3373254	-	120	56412276	SPA3260	-	5S ribosomal RNA
3373295	3373367	-	73	56412276	SPA3261	-	^{12 Thr tRNA}
3373380	3373499	-	120	56412276	SPA3262	-	5S ribosomal RNA
3373591	3376497	-	2907	56412276	SPA3263	-	23S ribosomal RNA
3376695	3376767	-	73	56412276	SPA3264	-	^{04 Glu tRNA}
3376853	3378394	-	1542	56412276	SPA3265	-	16S ribosomal RNA
3506522	3506615	-	94	56412276	SPA3397	-	sraI; sRNA gene
3614032	3614105	-	74	56412276	SPA3491	-	^{03 Pro tRNA}
3736414	3736504	+	91	56412276	SPA3602	-	Sec tRNA
3875155	3876696	+	1542	56412276	SPA3728	-	16S ribosomal RNA
3876782	3876854	+	73	56412276	SPA3729	-	^{04 Glu tRNA}
3877051	3879959	+	2909	56412276	SPA3730	-	23S ribosomal RNA
3880051	3880168	+	118	56412276	SPA3732	-	5S ribosomal RNA
3880223	3880296	+	74	56412276	SPA3733	-	^{06 Asp tRNA}
3880308	3880380	+	73	56412276	SPA3734	-	^{20 Trp tRNA}
3919122	3919195	+	74	56412276	SPA3771	-	^{11 Arg tRNA}
3919253	3919325	+	73	56412276	SPA3772	-	^{09 His tRNA}
3919349	3919432	+	84	56412276	SPA3773	-	^{15 Leu tRNA}
3919478	3919551	+	74	56412276	SPA3774	-	^{03 Pro tRNA}
3919861	3920034	+	174	56412276	SPA3775	-	sraJ; sRNA gene
3974288	3975829	+	1542	56412276	SPA3828	-	16S ribosomal RNA
3975899	3975972	+	74	56412276	SPA3829	-	^{14 Ile tRNA}
3976085	3976157	+	73	56412276	SPA3830	-	^{02 Ala tRNA}
3976343	3979251	+	2909	56412276	SPA3831	-	23S ribosomal RNA
3979343	3979462	+	120	56412276	SPA3833	-	5S ribosomal RNA
3987144	3987253	-	110	56412276	SPA3841	-	spf RNA gene
4116606	4116789	-	184	56412276	SPA3962	-	oxyS RNA gene
4124880	4126420	+	1541	56412276	SPA3970	-	16S ribosomal RNA
4126490	4126563	+	74	56412276	SPA3971	-	^{14 Ile tRNA}
4126676	4126748	+	73	56412276	SPA3972	-	^{02 Ala tRNA}
4126934	4129842	+	2909	56412276	SPA3973	-	23S ribosomal RNA
4129935	4130054	+	120	56412276	SPA3975	-	5S ribosomal RNA
4133675	4133747	+	73	56412276	SPA3980	-	^{12 Thr tRNA}
4133759	4133840	+	82	56412276	SPA3981	-	^{18 Tyr tRNA}
4133960	4134031	+	72	56412276	SPA3982	-	^{01 Gly tRNA}
4134041	4134113	+	73	56412276	SPA3983	-	^{12 Thr tRNA}
4166983	4168524	+	1542	56412276	SPA4014	-	16S ribosomal RNA
4168610	4168682	+	73	56412276	SPA4015	-	^{04 Glu tRNA}
4168879	4171788	+	2910	56412276	SPA4016	-	23S ribosomal RNA
4171879	4171998	+	120	56412276	SPA4018	-	5S ribosomal RNA
4256795	4256934	-	140	56412276	SPA4083	-	sraL; sRNA gene
4316321	4316393	-	73	56412276	SPA4137	-	^{17 Phe tRNA}
4346248	4346320	+	73	56412276	SPA4169	-	^{01 Gly tRNA}
4346480	4346552	+	73	56412276	SPA4170	-	^{01 Gly tRNA}
4346712	4346784	+	73	56412276	SPA4171	-	^{01 Gly tRNA}
4461042	4461123	+	82	56412276	SPA4287	-	^{15 Leu tRNA}
4543201	4543284	-	84	56412276	SPA4367	-	^{15 Leu tRNA}
4543319	4543402	-	84	56412276	SPA4368	-	^{15 Leu tRNA}
4543433	4543516	-	84	56412276	SPA4369	-	^{15 Leu tRNA}