Обсуждение:Направленные мутации иммуноглобулинов

Конкретные факты

Если есть возражения по конкретным фактам, которые описаны в статье и по каким то сведениям они чему-то противоречат, то прошу это конкретно указать. Прочие гипотезы и возражения меня мало интересуют, это ваше отношение к статье и ничего более (это ни к рецензированию, ни к содержанию не относится). Гипотезы и старые модели и представления меня тоже мало интересуют. Итак, что именно не соответствует истине и на основании каких экспериментов ? (Желательно в следующем виде: Цитата из моей работы и далее фраза это неверно потому, что ... на основании экспериментов ... )S.J. 15:51, 27 июля 2010 (UTC)

1. Гены антител (имунноглобулина) отличаются от всех остальных генов.

   - популярщина, обычно говорят о генах лёгких и тяжёлых цепей Ig,+ абсолючтно ничего не сказано об их хромосомной локализации (они расположены на разных хромосомах, так что след. фраза о расстоянии «отделены друг от друга участком последовательности ДНК (≈ 300 тыс. оснований), находящейся в ядре клетки. Чем это обусловлено » частично лишена смысла, "центробежная эволюция" - особенность генома эукарий), названиях, номенклатуре и т.д.

   популярщина - в этом нет ничего плохого, написать научно-популярную статью бывает на порядок сложнее, чем научную. Данная статья именно научная - популярная, и она не будет повторять известные факты из научных статей, но и не должна противоречить им (с последним будем разбираться). S.J. 21:40, 27 июля 2010 (UTC)

   они расположены на разных хромосомах - откуда информация и для какого организма ? Например, Льюин пишет о мышах и насколько я пониманию все в приделах одной хромосомы. S.J. 21:58, 27 июля 2010 (UTC)

   Льюин стр. 505: В клетках зародышевой линии V- и C- гены семейства лямда расположены на одной хромосоме. Это по вашему тоже не так, и маргинальщина ? S.J. 22:28, 27 июля 2010 (UTC)

   Читаем статьи, гены тяжёлых и лёгких цепей расположены на разных хромосомах, это необходимо упомянуть, иначе создаётся ощущение, что есть только один ген, который кодирует уже готовый иммуноглобулин--VSGI 22:57, 27 июля 2010 (UTC)

   Сейчас уточнил, чтобы было понятно, что все еще сложнее. S.J. 23:06, 27 июля 2010 (UTC)

2. отдельной клетке лимфоцита происходит альтернативный сплайсинг мРНК, в результате которого взаимное расположение нуклеотидов в мРНК не совпадает с их расположением в ДНК. Затем с помощью фермента обратной транскриптазы происходит обратная транскрипция. Из молекулы мРНК, синтезируется цепочка ДНК, новосинтезированная цепь замещает соответствующий ей участок в оригинальной ДНК, ингибируя таким образом второй нативный участок цепи. В результате этого процесса лимфоцит изменяет участок генома: один из V-генов передвигается и становится рядом с одним из несколько возможных C-генов. Этот участок отвечает за синтез антител, что позволяет добиться вариабельности структуры антител превышающей запрограммированную в геноме. Данный процесс запускается в органах иммунной системы при встрече организма с новым антигеном.

   - можно даже не комментировать, читаем свежую статью 2010 года и задумываемся о том, какие модели устарели, а какие лишь выдумки Стила

   Поправочка статья 1992 года, далеко не свежая. Т.е. Вы утверждаете, что процесса обратной транскипции при этом не происходит, правильно я понимаю ? И сплайсинга тоже ? Или именно альтернативного сплайсинга не происходит ? S.J. 21:29, 27 июля 2010 (UTC)

   Сплайсинг естественно есть, ОТ не является существенной и необходимой стадии процесса т.к. в рез. рекомбинации и так образуется функциональный ген, ОТ необходима лишь для амплификации гена с целью увеличения уровня экспрессии, по поводу статьи- да, прогладел, но она не является устаревшей+ см. все остальные статьи и др. источники--VSGI 22:57, 27 июля 2010 (UTC)

   Я немного подправил, чтобы было более ясно последовательность всех этих процессов. Можно вот об этом ОТ необходима лишь для амплификации гена с целью увеличения уровня экспрессии - более подробно ? S.J. 00:06, 28 июля 2010 (UTC)

   В специализированных клетках и тканях возникает необходимость увеличения экспрессии какого-либо продукта, специфичного для данной клетки/ткани. Это достигается во-первых пре- и посттранскрипционными механизмами увеличения экспрессии генов, выключением и гашением всех ненужных в данный момент генов (для экономии АА-тРНК), а также полиплоидизацией, деконденсацией хроматина (поэтому все интенсивно "работающие" клетки, т.е. произв. к-либо прдукт, имеют увеличенные в размере ядра в сравнении с неработающими- сравните незрелый В-лимфоцит с зрелым, а также клетки желёз характерный пример) и в некоторых случаях амплификацией гена, экспрессирующего необходимый продукт- за счёт увеличения числа копий инстенсивность синтеза мРНК, а соотв. и продутка увеличивается пропорционально увеличению числа копий, см. любой учебник по мол. биологии--VSGI 00:32, 28 июля 2010 (UTC)

3. Перестройки ДНК выполняются набором особых рекомбинационных ферментов. Кодирующие их гены называются генами, активирующими рекомбинацию (recombination activating genes — RAG), и локализованы в других местах генома. RAG-ферменты распознают ДНК-последовательности сигнальных последовательностей на соответствующих концах V-, D- и J-элементов, которые и соединяются

   про RAG белки и др читаем Т.о. тема абсолютно не раскрыта (не раскрыт механизм вырезания/инверсий и инсерций участков, а это является идеей, поддерживаемой статьями и научным консенсусом), нету изображений процесса (на кммонсе есть чудесные иллюстрации процесса)--VSGI 20:15, 27 июля 2010 (UTC)

   

   Пример на коммонсе

---

Я понял, Вы действительно правы процесс w:en:V(D)J recombination, здесь действительно детально не описан, а упомянут вскольз. Хорошо если Вы переведете, я тогда смогу читателя отослать к русскоязычной статье. Пока немного уточнил, с ссылками на то что есть. Но этим процессом статья далеко не заканчивается (и это далеко не главное) ! И речь идет о том, что происходит далее в уже созревших лимфоцитах. А далее идет именно обратная транскрипция в уже соматических клетках, благодаря чему вырабатывается приобретенных иммунитет. И еще далее есть некоторые размышления как закрепляется врожденный иммунитет. S.J. 23:18, 27 июля 2010 (UTC)

• (и это далеко не главное{{подст:АИ}}) ! И речь идет о том, что происходит далее в уже созревших лимфоцитах. А далее идет именно обратная транскрипция в уже соматических клетках, благодаря чему{{подст:АИ}} вырабатывается приобретенных иммунитет. И еще далее есть некоторые размышления как закрепляется врожденный иммунитет.

• Дайте пожалуйста ссылки на эти утверждения, что без ОТ не будет функциональных иммуноглобулинов (и что это более важный процес, чем сама по себе рекомбинация) и приобретённого иммунитета (только не на Стила, ибо он маргинален, а на нормальные научные статьи/унивесритетские учебники), амплификация путём ОТ известна, но она служит лишь способом усиления экспрессии гена за счёт большего числа копий и не преследует таких целей, и тем более не является фактором эволюции и доказательством ламаркизма (где лимфоциты и где яйцеклетка со сперматозоидами? Механизмы рестрикции и защиты клетки от чужеродной ген. информации кто-то отменил (кстати тоже иммунитет, самая древняя форма)? Вы знаете сколько болезней существует, связанных с неправильной экспрессией генов ИГ, которые имеют далеко идущие последствия кроме нарушения работы иммунной системы?), к тому же, помоему Викиверситет также не место для оригинальных исследований, а для обучения--VSGI 00:24, 28 июля 2010 (UTC)
  • без ОТ не будет функциональных иммуноглобулинов - я такое нигде не утверждаю. что это более важный процес, чем сама по себе рекомбинация - этого я тоже не утверждаю, я лишь поясняю в чем главный аспект статьи. S.J. 00:31, 28 июля 2010 (UTC)
  • она служит лишь способом усиления экспрессии гена за счёт большего числа копий и не преследует таких целей, и тем более не является фактором эволюции а вот на это я в свою очередь попрошу АИ. Считаю это спорным, и похоже Вы все же уловили суть статьи, хотя можете быть не согласны. Но есть ли какие-то факты этому противоречащие ? S.J. 00:34, 28 июля 2010 (UTC)
    • А каким ещё она целям может служить (про амплификацию генов см. любой современный учебник по мол. биологии), если в результате рекомбинации уже получается функциональный ген, экспрессирующий АТ с наивысшим аффинитетом из всех возможных (т.к. лимфоциты проходят селекцию) то по логике после каждой ОТ он становится всё менее функциональным как раз из-за спонтанных мутаций, зачастую снижающим аффинитет, а зачастую и просто нейтральных, мутации при ОТ- это неизбежное зло, которым приходится клетке пренебрегать ради амплификации гена и увеличения его экспрессии, по поводу АИ- амплификация сама по себе при помощи ОТ есть в любом современном учебнике мол. биологии, и в этих же учебниках (и по иммунологии) и статьях почему-то всё ограничивается рекомбинацией, только Стил возводит его в ранг фетиша для обосновании своей идеи фикс- ламаркизма--VSGI 00:44, 28 июля 2010 (UTC)
      • Ну, как и ожидалось все более чем спорно. Я останусь при своем мнении, и это не предмет нашей беседы здесь. Если есть желание можно устроить дискуссию отдельно от содержания на эту тему. Единственно замечу: мутации при ОТ- это неизбежное зло - как удобно, а мутации при видообразовании ? Или сейчас есть теории видообразования, где мутациям не отводится ни какой роли ? (Кстати, о роли соматических мутаций говорит не только Стил, но и Льюин, который более чем консервативен.) S.J. 00:51, 28 июля 2010 (UTC)
        • Извините, но как человек имеющий диплом магистра по спец. микробиология и вирусология и прослушавший определённое количество курсов по иммунологии (в т.ч. про молекулярные основы иммунитета)Ю мол. биологии (причём про спец. сом. рекомбинацию рассказывалось как минимум на 3 курсах), я как-то знаю, о чём говорю, прошу не грубить, по поводу вопроса- при видообразовании имеют место мутации явно не в узко специализированных клетках, заточенных под определённые функции и геном которых не передаётся последующему поколению, т.к. половые клетки происходят из другой линии клеток, и там как Вы знаете далеко не все мутации приводят к повышению адаптивности, а случай с ОТ действительно таков (амплификация путём ОТ встречается во многих случаях кроме ИГ, это не уникальный процесс), что в случае с уже существующими генами, экспрессирующие ИГ с наивысшим аффинитетом из всех возможных, полученным в результате соматической рекомбинации любое изменение скорее всего приведёт лишь к снижению аффинитета либо никчему не приведёт вообще (если мутация нейтральная), именно поэтому фигура Стила является противоречивой и маргинальной- из-за того, что он притягивает зауши (причём неудачно) и искажает информацию с единственной целью- оправдать ламаркизм--VSGI 01:04, 28 июля 2010 (UTC)
          • Извините, а где я вам нагрубил ? Наоборот, я признателен вам за ваши замечания. Но в спорных случаях, я имею право на собственное мнение, независимо ни от каких регалий. S.J. 01:06, 28 июля 2010 (UTC)
          • при видообразовании имеют место мутации явно не в узко специализированных клетках, заточенных под определённые функции .. - это тема для отдельной научной дискуссии, которую мы можем организовать (см. как это можно сделать, например тут - Дискуссия: Биологические аспекты сворачивания РНК). Я рад, что данная статья привела к столь сложной, но тем и интересной постановке вопроса. Но пока к активному участию я не готов. (мне пока сложно вам оппонировать, хотя с удовольствием последил бы за этой дискуссией.)S.J. 01:12, 28 июля 2010 (UTC)
  • помоему Викиверситет также не место для оригинальных исследований, а для обучения - это не так, он и для того и другого. (см. Викиверситет:Исследования) S.J. 00:36, 28 июля 2010 (UTC)

Подборка ссылок

• [1] [2] [3]
• Наследственная информация записана не только в ДНК Популярная настолько, что граничит с маргинальностью--VSGI 12:52, 27 июля 2010 (UTC)

• VDJ recombination
• w:en:V(D)J recombination перевёл w:Специфическая соматическая рекомбинация
• История изучения процесса

Научные ссылки

• V(D)J recombination: RAG proteins, repair factors, and regulation.
• V(D)J Recombination and the Evolution of the Adaptive Immune System
• The RAG proteins in V(D)J recombination: more than just a nuclease
• The basis for the mechanistic bias for deletional over inversional V(D)J recombination
• Nonhomologous end joining and V(D)J recombination require an additional factor
• V(D)J RECOMBINATION: RAG PROTEINS, REPAIR FACTORS, AND REGULATION*
• THE RAG PROTEINS AND V(D)J RECOMBINATION: Complexes, Ends, and Transposition