Основы рентгеноструктурного анализа
Рентгеноструктурный анализ — дифракционный метод исследования структуры вещества. В основе данного метода лежит явление дифракции рентгеновских лучей на трехмерной кристаллической решетке. Метод позволяет определять атомную структуру вещества, включающую в себя пространственную группу элементарной ячейки, ее размеры и форму, а также определить группу симметрии кристалла.
 |
Базовый уровень статей |
 |
Точность определения структуры
Атомы водорода (H) не могут быть определены этим методом, так как это требует разрешения меньше 1Å, которое удается достичь в редких случаях. Но из теории известно, где должны располагаться атомы водорода и под каким углом к другим атомам, поэтому их можно достроить при моделировании.
Пример использования рентгеноструктурного анализа
Третичная структура рибозима G12A mutant pre-cleavage получена методом рентгеноструктурного анализа [1].
Данные проведенного рентгеноструктурного анализа хранятся в так называемом файле структурного фактора (англ. Structure factor file), формат файла .cif (от англ. Crystallographic Information File). Данный формат описан Международным союзом Кристаллографии (IUCr). Формат файла был первоначально описан Залом, Алленом, и Брауном [2], но был с тех пор пересмотрен в версии 1.1. [3]. Полные технические требования для формата доступны в веб-сайте IUCr. Многие молекулярные компьютерные программы поддерживают данный форма, например, Jmol. Данный формат тесно связан с mmCIF - макромолекулярный CIF, который предназначен как альтернатива формату банка данных белка PDB формата.
Примечания
- ↑ Capturing hammerhead ribozyme structures in action by modulating general base catalysis
- ↑ Hall SR, Allen FH, Brown ID (1991). «The Crystallographic Information File (CIF): a new standard archive file for crystallography». Acta Crystallographica A47: 655–685. DOI:10.1107/S010876739101067X.
- ↑ Brown ID, McMahon B (2002). «CIF: the computer language of crystallography». Acta Crystallographica B 58 (Pt 3 Pt 1): 317–24. PMID 12037350.