RNAInSpace: различия между версиями
Содержимое удалено Содержимое добавлено
SSJ (обсуждение | вклад) |
Rotlink (обсуждение | вклад) м битая ссылка |
||
Строка 158:
У этого разрабатываемого подхода есть некоторая аналогия со следующим подходом:
<blockquote>
Схематично такая процедура может быть описана следующим образом. Ландшафт энергии системы заливается водой, вода образует лужи вокруг локальных минимумов. При повышении уровня воды лужи начинают сливаться, пока не останется всего одна лужа. Результатом процедуры является направленное дерево бассейнов (луж), причем минимальным лужам ставится в соответствие их глубина (значения локальных минимумов энергии), более крупным лужам — уровень энергии, на которых эти лужи сливаются (величина барьера активации между бассейнами). В результате мы получаем дерево бассейнов и функцию на дереве бассейнов — распределение энергий локальных минимумов и барьеров активации. После этого строится модель иерархической динамики, основанная на дереве бассейнов и функции барьеров активации на нём. Это и есть модель межбассейновой кинетики. <ref>[http://web.archive.org/web/20100215181931/http://www.mi.ras.ru/spm/pdf/012.pdf '''С. В. Козырев, Методы и приложения ультраметрического и p-адического анализа: от теории всплесков до биофизики''']</ref>
</blockquote>
Строка 164:
Близкие математические работы:
# [http://web.archive.org/web/20100215181931/http://www.mi.ras.ru/spm/pdf/012.pdf '''С. В. Козырев, Методы и приложения ультраметрического и p-адического анализа: от теории всплесков до биофизики''']
# [http://www.mi.ras.ru/~kozyrev/p-adicMF1.pdf p-Адическая математическая физика: основные конструкции и применения к сложным и наноскопическим системам, 2008]
# [http://library.biophys.msu.ru/PDF/3348.pdf Молекулярная динамика биополемеров]
Строка 201:
* [https://github.com/aastr/GROMACS GROMACS+CRA] + Mixed monte carlo/molecular dynamics simulations in explicit solvent + aastr@iq.ufrj.br
:: [http://permalink.gmane.org/gmane.science.biology.gromacs.devel/1515 mdp file]
:: [http://web.archive.org/web/20101207084443/http://jbcs.sbq.org.br/jbcs/2008/vol19_n7/30-07577SR.pdf MKTOP: a Program for Automatic Construction of Molecular Topologies]
:: [http://erg.biophys.msu.ru/erg/wordpress/wp-content/uploads/2009/03/bpmanual.pdf Современные методы молекулярного моделирования]
| |||