Викиверситет

О детерминированном моделировании РНК-петли: различия между версиями

Интерактивная навигация по истории
← Предыдущая правка
Содержимое удалено Содержимое добавлено
ВизуальныйВики-текст
м орфография
 
Строка 43:
=== Метод „Попарная корреляция“ ===
 
В отличииотличие от метода „Быстрого охлаждения“, данный метод пытается учесть корреляции положений. Но так как уже для трех положений это требует значительных вычислительных затрат, данный метод перебирает только положения для 2 нуклеотидов.
 
# Начинаем попарный перебор нуклеотидов
Строка 73:
[[Файл:RNA_gggagaccugaaguggguuuccc.png|250px|left|thumb|Сконструированный РНК-фрагмент методом [[RNAFoldingAI/РНК-тюнинг|„РНК-тюнинг“]] на основе полученной РНК-петли в данном исследовании]]
 
Получение петли-РНК позволяет далее применить метод [[RNAFoldingAI/РНК-тюнинг|„РНК-тюнинг“]], в результате чего можно получить отдельную РНК-спираль. В отличииотличие от стохастических методов, которые сейчас преобладают в биоинформатике, данный метод целенаправленно конструирует конечное состояние (нативное) РНК. С одной стороны, нужно понимать, что это не моделирование траектории сворачивания, но это первый шаг к этому. С другой стороны, мы получаем конечное состояние РНК, что уже само по себе, без знания траектории, позволяет исследовать ряд других областей.
 
Математически наши методы аналогичны задачи нелинейного программирования с ограничениями. При этом энергетическая функция является функцией минимум которой нужно найти, а водородные связи являются ограничениями. Но мы свободны не решать эту задачу математическими методами, достаточно организовать выше описанный алгоритмический поиск.
Источник — https://ru.wikiversity.org/wiki/О_детерминированном_моделировании_РНК-петли