RNAInSpace/Общие описание корреляционно-иерархического поиска: различия между версиями
Содержимое удалено Содержимое добавлено
SSJ (обсуждение | вклад) |
SSJ (обсуждение | вклад) |
||
Строка 21:
=== Метод „Попарная корреляция“ ===
В отличии от метода „Быстрого охлаждения“, данный метод пытается учесть корреляции положений. Но так как уже для трех положений это требует значительных вычислительных затрат, данный метод перебирает только положения для 2 нуклеотидов (1526*1526 ≈ 2.3 млн.).
# Начинает попарный перебор с тех нуклеотидов, которые в методе „Быстрого охлаждения“ были зафиксированы первыми (в рассматриваемом примере 2-ой и 3-ий нуклеотид)
# Во время перебора находим наилучшие повороты двух нуклеотидов и их фиксируем
# Последовательно проверяем все возможные пары (в нашем случае: 1-2, 1-3 и 2-3, остальные в силу симметрии дадут тоже самое)
# Если после последней фиксации, которая дала понижение энергии, проверили все возможные пары и понижения нет, то закончить
Этот метод позволил найти локальный минимум в -10.91. Как видим он ближе к нашему глобальному, но тем не менее не достаточен.
[[Категория:RNAFoldingAI]]
| |||