RNAInSpace/Общие описание корреляционно-иерархического поиска: различия между версиями
Содержимое удалено Содержимое добавлено
SSJ (обсуждение | вклад) |
SSJ (обсуждение | вклад) Нет описания правки |
||
Строка 30:
Этот метод позволил найти локальный минимум в -10.91. Как видим он ближе к нашему глобальному, но тем не менее не достаточен.
=== Метод „Иерархичная корреляция“ ===
Итак, в методе „Попарная корреляция“ мы можем учесть только попарные корреляции. Корреляции же всех, в данном случае 3 нуклеотидов перебрать технически не можем (слишком долго). Искать случайным образом (Монте-Карло) также бесперспективно, так как вероятность попасть именно в глобальный минимум сразу делая три поворота - крайне мала. А последовательно, что показали два выше описанных метода это сделать не возможно.
Остается единственный вариант, попытаться отобрать из 1526 вариантов поворотов, те которые, для определенной последовательности РНК и соответствующего нуклеотида, дают наибольшее понижение энергии. Но опять же выяснить какие это, особенно учитывая корреляции, непросто. И сразу для 3 нуклеотидов это сделать нельзя.
Поэтому предлагается метод последовательной иерархической корреляции.
# Возьмем первых два нуклеотида '''ga''' из последовательности '''gaa'''.
# Для неё применим метод „Попарная корреляция“, отобрав по 100 вариантов поворотов для каждого нуклеотида, которые дают наибольшее понижение энергии
# Проведем полный перебор, но с уменьшенным множеством поворотов для первых двух нуклеотидов
Таким образом, будет перебор среди вариантов 100х100х1526, что осуществляется за несколько часов.
[[Категория:RNAFoldingAI]]
|