Модуль RNAWorld/RNAEnergyСalc: различия между версиями
Содержимое удалено Содержимое добавлено
SSJ (обсуждение | вклад) Новая страница: «== Модуль ''RNAEnergyСalc'' „Расчет энергетических характеристик РНК“ == В оценке энергии цепи РН...» |
SSJ (обсуждение | вклад) |
||
Строка 1:
== Модуль ''RNAEnergyСalc'' „Расчет энергетических характеристик РНК“ ==
В оценке энергии цепи РНК участвуют следующие составляющие:▼
=== Было ===
'''SCORE''' = (''VDW'' + ''RG'') + (RNA_BS + RNA_BP_W + RNA_BP_H + RNA_BP_S) + (RNA_NONB + RNA_O2ST + RNA_PHOS) + (RNA_AXIS*0.2 + RNA_STAG)
Так как это просто разнородные оценки, кажется не самой лучшей идеей их все просто сложить. Как минимум каждый из компонентов может играть разную роль, то есть складывать их нужно умножая на определенные коэффициенты. В оригинальной версии Rosseta по умолчанию все коэффициенты выбраны =1.0 (кроме RNA_AXIS).
=== На данный момент ===
{{main|Исправление оценки VDW}}
Используется следующая функция оценки энергии:
'''SCORE''' = (''VDW'' * 3.0 + ''RG'') + (RNA_BS + RNA_BP_W + RNA_BP_H + RNA_BP_S) + (RNA_NONB * 1.5 + RNA_O2ST + RNA_PHOS) + (RNA_AXIS*0.2 + RNA_STAG * 0.5 )
А также реализованы следующие уточнения:
# Учитывается для всех доступных атомов (20-23 шт.) нуклеотидов из [http://www.pdb.org/pdb/explore/explore.do?pdbId=1FFK 1FFK.pdb] наибольшие расстояния между парами нуклеотидов, которые находятся на расстоянии <12 Å
# Учитывается для всех атомов (C, N, H, O) образование ковалентных связей, которых в структуре РНК быть не должно <ref>Естественно, за исключением фосфора (P), посредством которого соединяются между собой нуклеотиды </ref>
[[Категория:Модули RNAFoldingAI]]
| |||