О детерминированном моделировании РНК-петли: различия между версиями
Содержимое удалено Содержимое добавлено
SSJ (обсуждение | вклад) |
SSJ (обсуждение | вклад) |
||
Строка 11:
'''SCORE''' = (''VDW'' * 3.0 + ''RG'') + (RNA_BS + RNA_BP_W + RNA_BP_H + RNA_BP_S) + (RNA_NONB * 1.5 + RNA_O2ST + RNA_PHOS) + (RNA_AXIS*0.2 + RNA_STAG * 0.5 )
'''[[Исправление оценки VDW]]'''. В работе <ref>[[Анализ статьи: Автоматизированное предсказание de novo третичной структуры РНК|Автоматизированное предсказание de novo третичной структуры РНК]]</ref> для оценки VDW используются только по 9 атомов из нуклеотидов. Данных о расположении водородных атомов в структуре [http://www.pdb.org/pdb/explore/explore.do?pdbId=1FFK 1FFK] нету. Этого оказалось не достаточно, чтобы различать запрещенные состояния от разрешенных, поэтому были сделаны следующие уточнения:
# учитывается для всех доступных атомов (20-23 шт.) нуклеотидов из [http://www.pdb.org/pdb/explore/explore.do?pdbId=1FFK 1FFK.pdb] наибольшие расстояния между парами нуклеотидов, которые находятся на расстоянии <12 Å
# учитывается для всех атомов (C, N, H, O) образование ковалентных связей, которых в структуре РНК быть не должно <ref>Естественно, за исключением фосфора (P), посредством которого соединяются между собой нуклеотиды </ref>
== Методы ==
| |||