О детерминированном моделировании РНК-петли: различия между версиями

Содержимое удалено Содержимое добавлено
Строка 8:
== Уточнения энергетической функции ==
 
В работе <ref name="A"> [[Анализ статьи: Автоматизированное предсказание de novo третичной структуры РНК|Автоматизированное предсказание de novo третичной структуры РНК]]</ref> не описывается весовые коэффициенты энергетической функции, но по умолчанию они установлены в 1, за некоторыми исключениями. <ref>(для RNA_AXIS от 0 до 0.2, а RNA_STAG от 0 до 1 )</ref> .
Используется следующая функция оценки энергии:
 
ИспользуетсяВ данном исследовании используется следующая функция оценки энергии:
 
'''SCORE''' = (''VDW'' * 3.0 + ''RG'') + (RNA_BS + RNA_BP_W + RNA_BP_H + RNA_BP_S) + (RNA_NONB * 1.5 + RNA_O2ST + RNA_PHOS) + (RNA_AXIS*0.2 + RNA_STAG * 0.5 )
 
'''[[Исправление оценки VDW]]'''. В работе <ref>[[Анализ статьи: Автоматизированное предсказание de novo третичной структуры РНК|Автоматизированное предсказание de novo третичной структуры РНК]]</refname="A"> для оценки VDW используются только по 9 атомов из нуклеотидов. Данных о расположении водородных атомов в структуре [http://www.pdb.org/pdb/explore/explore.do?pdbId=1FFK 1FFK] нету. Этого оказалось не достаточно, чтобы различать запрещенные состояния от разрешенных, поэтому были сделаны следующие уточнения:
# учитывается для всех доступных атомов (20-23 шт.) нуклеотидов из [http://www.pdb.org/pdb/explore/explore.do?pdbId=1FFK 1FFK.pdb] наибольшие расстояния между парами нуклеотидов, которые находятся на расстоянии <12 Å
# учитывается для всех атомов (C, N, H, O) образование ковалентных связей, которых в структуре РНК быть не должно <ref>Естественно, за исключением фосфора (P), посредством которого соединяются между собой нуклеотиды </ref>
 
'''[[Уточнение вариаций углов при поворотах РНК]]'''. В работе <ref name="A"> нуклеотиды A и G (= R) считаются аналогичными, а C и U (=Y) также. В данном исследовании, как правило, используется вращение одного нуклеотида, и соответственно имеется 1171 вариаций углов для нуклеотидов типа Y, и 1526 для нуклеотидов типа R. Это число достаточно большое, что является причиной замедления выполнения методов. Было решено уменьшить число этих вариаций, и с этой целью типы нуклеотидов не подменялись. Это дало для G - 829 вариаций углов, для C - 680, A - 697, U - 491.
 
== Методы ==