О детерминированном моделировании РНК-петли: различия между версиями
Содержимое удалено Содержимое добавлено
SSJ (обсуждение | вклад) |
SSJ (обсуждение | вклад) |
||
Строка 20:
'''[[Уточнение вариаций углов при поворотах РНК]]'''. В работе <ref name="A"/> нуклеотиды A и G (= R) считаются аналогичными, а C и U (=Y) также. В данном исследовании, как правило, используется вращение одного нуклеотида, и соответственно имеется 1171 вариаций углов для нуклеотидов типа Y, и 1526 для нуклеотидов типа R. Это число достаточно большое, что является причиной замедления выполнения методов. Было решено уменьшить число этих вариаций, и с этой целью типы нуклеотидов не подменялись. Это дало для G - 829 вариаций углов, для C - 680, A - 697, U - 491.
== Методы приближения к глобальному минимуму на сложной энергетической поверхности ==
{{Пояснение| Будем исходить из предположения, что глобальный минимум лежит в рамках ''специально отобранных'' локальных решений. }}
Чтобы осуществить полный перебор вариантов поворотов (возможны порядка 1000 различных поворотов) для цепочки РНК из трех нуклеотидов требуется около 2 недель 6-процессорной машины. Поэтому были разработаны два достаточно простых метода, для предварительной оценки энергетического минимума.
=== Метод „Быстрое охлаждение“ ===
# Для каждого нуклеотида проверяем какой из поворотов дает наибольшее понижение энергии
# Выбираем тот нуклеотид и тот поворот, который максимально понизил энергию
# Фиксируем цепочку РНК, осуществляя поворот полученный в п.2.
# Повторяем процесс с п.1. пока понижение энергии не остановится
=== Метод „Попарная корреляция“ ===
В отличии от метода „Быстрого охлаждения“, данный метод пытается учесть корреляции положений. Но так как уже для трех положений это требует значительных вычислительных затрат, данный метод перебирает только положения для 2 нуклеотидов.
# Начинает попарный перебор с тех нуклеотидов, которые в методе „Быстрого охлаждения“ были зафиксированы первыми
# Во время перебора находим наилучшие повороты двух нуклеотидов и их фиксируем
# Проверяем следующию пару нуклеотидов
=== Комбинация применения методов ===
== Результаты ==
| |||