О детерминированном моделировании РНК-петли: различия между версиями

В отличии от метода „Быстрого охлаждения“, данный метод пытается учесть корреляции положений. Но так как уже для трех положений это требует значительных вычислительных затрат, данный метод перебирает только положения для 2 нуклеотидов.

 

# Во время перебора находим наилучшие повороты двух нуклеотидов и их фиксируем

 

Существует проблема выбора нуклеотидов для каждого последующего шага, применяя метод ''попарной корреляции'' сворачивая таким образом цепь РНК. А от этого, каждого такого шага, существенно зависит успешность следующего шага. Нету критерия успешности шага, его можно только предположить визуально, сравнивая с идеальной структурой. Встает задача выбора пути на дереве, где каждый узел задается двумя позициями нуклеотидов, к которым применяется метод ''попарной корреляции''. Переходы между узлами определяют следующию итерацию применения метода ''попарной корреляции'' к двум другим позициям, в то время как предыдущие уже зафиксированы, в соответствии с ранее пройденными узлами.