Викиверситет

О детерминированном моделировании РНК-петли: различия между версиями

Интерактивная навигация по истории
← Предыдущая правкаСледующая правка →
Содержимое удалено Содержимое добавлено
ВизуальныйВики-текст
Строка 12:
Поэтому в дальнейшем, мы базировались на логически-детерминированном подходе, с целью „сборки РНК по частям“. Наибольшую сложность представляет формирование петли РНК, так как она в основном определяет последующею укладку остального фрагмента РНК, в котором пары нуклеотидов „стянуты“ Уотсон-Криковскими или Хугстиновскими водородными связями.
 
Таким образом, задачей нашего моделирования стало разработать подход и соответствующие методы, которые позволят построить автоматически петлю РНК одного из фрагмента вироидного рибозима [[wikia:ru.vlab:NC_003540|NC_003540]], на основании первичной структуры. Этот фрагмент имеет следующию первичную структуру '''cugaagugg'''. При этом 1 и 9 нуклеотид из этой последовательности образует Уотсон-Криковскую водородную связь, чтообразование икоторой в моделировании является основным показателемкритерием успешности моделирования. Кроме того, мы сравнивали получаемую в моделировании третичную структуру, со структурой хранящейся в базе PDB <ref>[http://www.pdb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=2RO2 2RO2]</ref>.
 
== Уточнения энергетической функции ==
Источник — https://ru.wikiversity.org/wiki/О_детерминированном_моделировании_РНК-петли