О незначимости энергетической оценки при моделировании РНК: различия между версиями
Содержимое удалено Содержимое добавлено
SSJ (обсуждение | вклад) |
SSJ (обсуждение | вклад) |
||
Строка 16:
== Ход эксперимента ==
Рибозим разделяется на фрагменты в соответствии со вторичной структурой L1 (ggcaccugacgucgguguc), L2 (gauccaugacaggauc) и то что остается. Фрагменты L1 и L2 собираются поотдельности, вначале формируя петлю, а затем достраивая последующий водородные связи.
Вначале получаем грубую структуру РНК-петли используя метод „Быстрое охлаждение“. В методе используется придельно упрощенная энергетическая оценка, основанная только на расчете радиусов Ван-дер-Ваальса и радиуса Гирации: SCORE = (VDW * 3.0 + RG * 2.0). Затем применяется метод [[РНК-тюнинг]].
| |||