О незначимости энергетической оценки при моделировании РНК: различия между версиями

Содержимое удалено Содержимое добавлено
Строка 6:
[[File:Hammerhead Ribozyme.PNG|300px|right]]
 
В статье «[[О детерминированном моделировании РНК-петли]]» было показано каким образом можно перейти от стохастического моделирования РНК к детерминированному. Так же там был упомянут метод [[RNAFoldingAI/РНКX-тюнинг|„РНК„X-тюнинг“]], который целенаправленно конструирует конечное состояние (нативное) РНК. При этом он использует для получения грубой структуры РНК специальным образом видоизмененную по сравнению с работой <ref name="A"> [[Анализ статьи: Автоматизированное предсказание de novo третичной структуры РНК|Автоматизированное предсказание de novo третичной структуры РНК]]</ref> оценку энергии <ref>см. [[Исправление оценки VDW]] и [[Уточнение вариаций углов при поворотах РНК]]</ref>.
 
В данном исследовании мы покажем, что при конструировании РНК можно полностью обойтись без энергетической оценки, заменив её только определением ковалентных и водородных связей на основании координат атомов. Но при этом должна быть известна вторичная структура РНК. И тогда с помощью расширенного применения метода [[RNAFoldingAI/РНКX-тюнинг|„РНК„X-тюнинг“]] можно получить конечную третичную структуру РНК.
 
== Модельный организм ==