О незначимости энергетической оценки при моделировании РНК: различия между версиями

Содержимое удалено Содержимое добавлено
Строка 18:
Рибозим разделяется на фрагменты в соответствии со вторичной структурой L1 (ggcaccugacgucgguguc), L2 (gauccaugacaggauc) и то что остается. Фрагменты L1 и L2 собираются поотдельности, вначале формируя петлю, а затем достраивая последующий водородные связи.
 
Вначале получаем грубую структуру РНК-петли используя метод „Быстрое охлаждение“. В методе используется придельно упрощенная энергетическая оценка, основанная только на расчете радиусовблизости Ван-дер-Ваальсаводородных связей и радиусаотсутствии Гирации:ковалентных SCOREсвязей =между атомами разных нуклеотидов (VDWестественно, *за 3.0исключением +связей RGфосфора, *образующих 2.0цепь РНК). Затем применяется метод [[РНКX-тюнинг]].
 
== Результаты ==