RNAInSpace/Общие описание корреляционно-иерархического поиска: различия между версиями
Содержимое удалено Содержимое добавлено
SSJ (обсуждение | вклад) |
SSJ (обсуждение | вклад) |
||
Строка 10:
Проводилось изучение энергетической поверхности самых коротких РНК-цепей. Например, отобрав те повороты которые наиболее выгодны для достижения минимума цепи '''ga''', эти же повороты не будут способствовать достижению минимума в цепи '''gaa'''.
== Представление задачи в терминах теории игр ==
Один из способов формализовать задачу сворачивания РНК - это сформулировать её в терминах задачи принятия оптимальных решений теории игр. Эта задача может быть определена как игра с природой — игра, в которой имеется только один игрок, причем исход ее зависит не только от его решений, но и от состояния “природы”, то есть не от сознательно противодействующего противника, но от объективной, невраждебной действительности. Чтобы определить данную игру нужно задать:
# Начальное и конечное состояние игры.
# Функцию переходов, в виде пар (move, state), каждая из которых указывает допустимое действие и результирующее состояние.
# Функцию полезности <math>f(x)</math>, числовые значения, которые указывают на приближение к конечному состоянию. Например, в игре шахматы или крестики-нолики результатом является победа, поражение или ничья, со значениями +1, -1 или 0. Может использоваться также более широкий диапазон значений функции полезности.
Зададим необходимые параметры, описанные выше:
# Начальное состояние игры (<math>S_0</math>) – грубое приближение третичной структуры цепи РНК, полученное методом «Быстрое охлаждение» (см. следующий раздел).
# Конечное состояние игры (<math>S_n</math>) – третичная структура цепи РНК, обладающая водородными связями согласно её вторичной структуре.
# Функция переходов – разработано специальное программное обеспечение RNAFoldingAI, которое позволяет для конкретного поворота ''RotID'' определенного нуклеотида ''NucNumber'' в цепи РНК рассчитать третичную структуру РНК. А именно <math>S_{t+1}=f(S_t,RotID,NucNumber)</math>.
# Функция полезности <math>f(x)</math> – основывается на близости нуклеотидов, которые должны образовать водородную связь. А именно <math>f(r,a)</math>, где '''r''' – расстояние между нуклеотидами, а '''a''' – угол меду донором и акцептором предполагаемой водородной связи.
== Методы приближения к глобальному минимуму на многопараметрической поверхности ==
| |||