Анализ статьи~Целенаправленный поиск в задаче сворачивания третичной структуры РНК: различия между версиями

Содержимое удалено Содержимое добавлено
Нет описания правки
Строка 39:
 
;Решение методом „X-тюнинг“ задачи сворачивания РНК на примере одного рибозима
 
Применяя метод «Быстрое охлаждение», были получены грубые структуры фрагментов L1 и L2. Применяя метод X-тюнинг для поиска структуры фрагмента, при котором будет образована водородная связь между 14 и 22 нуклеотидом, было получено 82 удовлетворительных варианта, где водородная связь присутствует. Далее эти 82 варианта используются при получении водородной связи в следующей паре нуклеотидов. При этом получено 18 вариантов, на основании только одной из 82 вариантов, т.е. 81 вариант непригоден для одновременного наличия водородных связей между 14 и 22 нуклеотидами, и 13 и 23 нуклеотидами.
 
В результате эксперимента было получено 46055 приемлемых решений для фрагмента L1 и 33540 варианта для фрагмента L2. Приемлемость решения оценивается заданным конечным состоянием игры, а именно образованием всех необходимых водородных связей. При сложных энергетических поверхностях автоматически гарантировать получение приемлемых решений нельзя, так как узким место является образование петли РНК, участка, где нет водородных связей. Но для небольших фрагментов РНК экспериментальная проверка показала, что удовлетворяющие решения находятся, и последующие образование спирали РНК с водородными связями позволяет получить большое число конечных структур молекулы (для последующих пар получается все большое число удовлетворительных состояний).
 
Для РНК основными взаимодействиями, которые определяю третичную структуру – являются наличие водородных связей. Поэтому достоверность полученных фрагментов определяется заданием условий при которых образуется водородная связь, конечно с погрешностью на то, что положение каждого отдельного нуклеотида может отличаться от данных ЯМР из-за динамичности самой молекулы. Но общая форма молекулы будет максимально соответствовать реальной, в противном бы случае невозможно было бы получить структуру, в которой промоделированы все водородные связи.
 
Дальнейшие исследования в этой области должны решить вопрос с построением цепей РНК из нескольких фрагментов.
 
== Анализ ==