Анализ статьи~Целенаправленный поиск в задаче сворачивания третичной структуры РНК: различия между версиями

Содержимое удалено Содержимое добавлено
Строка 64:
{{Цитата| Для формирования водородных связей имеет значение расстояние r и угол a между определёнными атомами. В зависимости от этого, для использования метода X-тюнинг мы определим 100 групп. 0-группа при r < 3.0 и a<20°, 1-группа при r < 3.1 и a<21° … 100 группа при r < 13.0 и a<120°. Большее число групп не нужно, так как при расстоянии r > 13 и a>120° вероятность образования водородной связи минимальна. }}
: и затем применить описанные методы для поиска нужного состояния.
: Важно отметить, что сейчас мы работаем над сворачиванием многоспиральных молекул РНК, и уже выбранной идеализации (образование водородных связей) недостаточно. Здесь уже следует учитывать другие взаимодействия - так называемыеназываемую ''интеркаляцияинтеркаляцию оснований''. Но это задача следующей статьи. Но опять же эти взаимодействия будут задавать через уточнение функции приближения.
: В целом от случайности нужно отказаться взамен, хоть и не имеющейся в природе, идеализации, но тем самым в ходе экспериментов узнавая (через моделирование) „движущие силы“ природы. Далее важно еще так определить функцию переходов, чтобы она была по возможности „гладкой“, т.е. чтобы можно было параллельные процессы в природе заменить моделирование последовательных переходов на компьютере.
 
== См. также ==