Анализ статьи~Целенаправленный поиск в задаче сворачивания третичной структуры РНК: различия между версиями

Содержимое удалено Содержимое добавлено
Строка 58:
: Данный вопрос действительно является ключевым для данной статьи. Но в тоже время выходит далеко за рамки самой статьи, и касается скорее методологических вопросов моделирования. Кратко и обще ответить на него не представляется возможным, поэтому можно дать лишь не формальный ответ. Если отвечать в двух словах, то можно было бы сказать: „так как и было сделано в данной статье, для данной частной задачи“. Но понятно, что это не до конца проясняет вопрос. „За деревьями леса не видно“. И далее будет дан более развернутый ответ.
: Действительно случайность используют из-за '''незнания'''. И мы вначале пошли так же по этому пути, но в процессе экспериментов стало ясно, что '''знания''' таким путем мы не получим и задача не будет решена. Существует другой путь - ''идеализация природы''. При идеализации мы знаем если не состояния природы, то некоторые из законов природы. Остается лишь определить поле этих состояний и переходы между ними, создавая динамику на основе идеализированных законов. И именно этот подход нам представляется наиболее перспективным.
: '''Как мы идеализировали данную задачу ?''' Мы определили, что если мы получим все водородные связи, которые в реальности имеет РНК - этого будет достаточно чтобы короткий фрагмент РНК приобрел свою третичную структуру. И этой идеализации нам в данном случае оказалось достаточно - визуализировав фрагмент мы увидели образованную спираль, что и имеет место быть в реальности - короткие фрагменты приобретают структуру спирали. Мы это условие ни каким образом не задавали, а ориентировались только на образование водородных связей. РНК устроенно таким образом, что просто геометрически нет других возможностей образовать другую форму, если задаться целью образовать требуемые водородные связи. Именно поэтому мы в заключении пишем:
{{Цитата| А теперь мы можем ответить на вопрос: что заставляет фрагмент РНК приобретать именно спиральную структуру? Из результатов эксперимента получается, что только образованная РНК-петля и последующие нуклеотиды (первичная структура) полностью предопределяют то, что данный фрагмент РНК имеет спиральную структуру. }}
: Таким образом, мы определили, что для моделирования короткого фрагмента РНК не нужно ничего больше моделировать, за исключением образования водородных связей. И это несмотря на то, что в природе существуют и другие взаимодействия.