Анализ статьи~Целенаправленный поиск в задаче сворачивания третичной структуры РНК: различия между версиями
Содержимое удалено Содержимое добавлено
SSJ (обсуждение | вклад) |
SSJ (обсуждение | вклад) |
||
Строка 58:
: Данный вопрос действительно является ключевым для данной статьи. Но в тоже время выходит далеко за рамки самой статьи, и касается скорее методологических вопросов моделирования. Кратко и обще ответить на него не представляется возможным, поэтому можно дать лишь не формальный ответ. Если отвечать в двух словах, то можно было бы сказать: „так как и было сделано в данной статье, для данной частной задачи“. Но понятно, что это не до конца проясняет вопрос. „За деревьями леса не видно“. И далее будет дан более развернутый ответ.
: Действительно случайность используют из-за '''незнания'''. И мы вначале пошли так же по этому пути, но в процессе экспериментов стало ясно, что '''знания''' таким путем мы не получим и задача не будет решена. Существует другой путь - ''идеализация природы''. При идеализации мы знаем если не состояния природы, то некоторые из законов природы. Остается лишь определить поле этих состояний и переходы между ними, создавая динамику на основе идеализированных законов. И именно этот подход нам представляется наиболее перспективным.
: '''Как мы идеализировали данную задачу ?''' Мы определили, что если мы получим все водородные связи, которые в реальности имеет РНК - этого будет достаточно чтобы короткий фрагмент РНК приобрел свою третичную структуру. И этой идеализации нам в данном случае оказалось достаточно - визуализировав фрагмент мы увидели образованную спираль, что и имеет место быть в реальности - короткие фрагменты приобретают структуру спирали. Мы это условие ни каким образом не задавали, а ориентировались только на образование водородных связей. Получается, что РНК устроенно таким образом, что просто геометрически нет других возможностей образовать другую форму, если задаться целью образовать требуемые водородные связи. Именно поэтому мы в заключении пишем:
{{Цитата| А теперь мы можем ответить на вопрос: что заставляет фрагмент РНК приобретать именно спиральную структуру? Из результатов эксперимента получается, что только образованная РНК-петля и последующие нуклеотиды (первичная структура) полностью предопределяют то, что данный фрагмент РНК имеет спиральную структуру. }}
: Таким образом, мы определили, что для моделирования короткого фрагмента РНК не нужно ничего больше моделировать, за исключением образования водородных связей. И это несмотря на то, что в природе существуют и другие взаимодействия.
| |||