О детерминированном моделировании РНК-петли: различия между версиями
Содержимое удалено Содержимое добавлено
SSJ (обсуждение | вклад) |
SSJ (обсуждение | вклад) |
||
Строка 24:
'''[[Исправление оценки VDW]]'''. В работе <ref name="A"/> для оценки VDW используются только по 9 атомов из нуклеотидов. Данных о расположении водородных атомов в структуре [http://www.pdb.org/pdb/explore/explore.do?pdbId=1FFK 1FFK] нету. Этого оказалось не достаточно, чтобы различать запрещенные состояния от разрешенных, поэтому были сделаны следующие уточнения:
# учитывается для всех доступных атомов (20-23 шт.) нуклеотидов из [http://www.pdb.org/pdb/explore/explore.do?pdbId=1FFK 1FFK.pdb] наибольшие расстояния между парами нуклеотидов, которые находятся на расстоянии <12 Å
# учитывается для всех атомов (C, N, H, O) образование ковалентных связей, которых между нуклеотидами в структуре РНК быть не должно <ref>Естественно, за исключением фосфора (P), посредством которого соединяются между собой нуклеотиды </ref>
'''[[Уточнение вариаций углов при поворотах РНК]]'''. В работе <ref name="A"/> нуклеотиды A и G (= R) считаются аналогичными, а C и U (=Y) также. В данном исследовании, как правило, используется вращение одного нуклеотида, и соответственно имеется 1171 вариаций углов для нуклеотидов типа Y, и 1526 для нуклеотидов типа R. Это число достаточно большое, что является причиной замедления выполнения методов. Было решено уменьшить число этих вариаций, и с этой целью типы нуклеотидов не подменялись. Это дало для G - 829 вариаций углов, для C - 680, A - 697, U - 491.
| |||