Промежуточные взаимодействия во время сворачивания РНК: различия между версиями

{{Материалы|проекта|RNAInSpace}}

 

При получении третичной структуры, которая получается во время сворачивания, часто внимание уделяется только получению конечного состояний - свернутого состояния. Но получить свернутое состояние не пройдя так или иначе промежуточные состояния, то есть не моделируя сам ход сворачивания — невозможно. Надо, конечно, понимать, что мы принципиально не сможем промоделировать процесс сворачивания так как он идет в природе. На это есть как минимум две причины: (1) сворачивание разных частей РНК происходит параллельно, (2) сворачивание это такой же стохастический процесс как и "бурление воды в сильном потоке" (сравнимый с [[w:турбулентность|турбулентностью]]).

 

Во-вторых, ориентирование на водородные связи, которые имеются в конечной стабильной третичной структуре может быть недостаточным. Это связано с тем, что во время сворачивания из произвольного состояния (а РНК в процессе сворачивания в мелких деталях именно произвольно), существует большая вероятность того, что цепь начнет сворачивается в "неправильном направлении". То есть так, что попадет в такое состояние из которого уже будет невозможно "выбраться" и сформировать конечное стабильное состояние.