Промежуточные взаимодействия во время сворачивания РНК: различия между версиями

Содержимое удалено Содержимое добавлено
Строка 27:
* '''Hydrophobic Collapse model'''
** Согласно ''Hydrophobic Collapse model'', у глобулярных белков есть ’гидрофобное ядро’, которое приводит к структурному коллапсу развернутой цепи. Коллапсированная структура, названная ''molten globule'' (расплавленная глобула), представляет частично свернутое состояние и его энергия ниже чем у развернутого состояния, но выше чем нативного состояния. В отличие от ''Hierarchical model'', гидрофобный коллапса происходит сначала и затем формируются вторичные структуры и дальнодействующие взаимодействия (Radford 2000, Schellman 1955).
* '''Simulation-based simple models''' (Karplus & SÏ ali, 1995; Dill et al., 1995; '''Shakhnovich, 1996'''; Thirumalai et al., 1997)
** Один из подвидов этой модели '''Langevin model''' <ref>Berriz, G. F., Gutin, A. M., Shakhnovich, E. I., Langevin model of protein folding: cooperativity and stability. J. Chem. Phys. 106, 9276-9285, 1997</ref>
*** Ядро сворачивания белка - ограниченный фундамент, образованный из 8 - 40 контактов рассеянных вдоль последовательности белка. Это показывает, контакты ядра оба дальнего действия, так же как малая дальность (Shakhnovich 1997). Модель Шахновича признает роль двух видов остатков: 1) критические остатки, которые устанавливают большинство контактов в переходное состояние, и 2) те, которые только формируют контакты при достижении нативного состояния. Мутации критических остатков могут затронуть стабильность переходного состояния. Именно поэтому предполагается критические остатки сохраняются эволюционно (Шахнович и др. 1996). В последующих исследованиях было показано, что переходное состояние содержит определенные взаимодействия, которые не найдены в стабильном состоянии. Эти неродные контакты замедляют процесс сворачивания, не затрагивая стабильность нативного состояния.
 
== Удобно лишь иерархически моделировать ==