Свобода колебаний в свернутой спирали РНК: различия между версиями

Содержимое удалено Содержимое добавлено
Строка 7:
== Какова же свобода колебаний ? ==
 
Оказывается, что спирали РНК на стольконастолько жесткие, что при '''последовательном''' изменении отдельно взятого любого угла у спирали будут разрушены ряд водородных связей. Небольшое изменение угла (около 0.1-1.0 градуса) будет разрушать наиболее отдаленные связи. Например, если у спирали 7 пар водородных связей, то разрушению будут подвержены 5, 6 и 7 пара (считаем от центра петли).
 
В этом состоит проблема последовательного моделирования. В природе одновременно меняется сразу несколько взаимосвязанных углов, и соответственно в реальности водородные связи не разрушаются. При моделировании мы вынуждены рассчитать как могли бы изменится и другие углы при наличии силы связи между водородными связями. Но это сделать не представляется возможным, т.к. рассчитать такую взаимосвязанную систему слишком сложно. Поэтому приходится моделировать последовательными итерациями. Вначале разрушая водородные связи при повороте одного угла, а затем искать какие углы и на сколько нужно повернуть, чтобы восстановить нужные водородные связи.