Промежуточные взаимодействия во время сворачивания РНК: различия между версиями

Содержимое удалено Содержимое добавлено
Нет описания правки
Нет описания правки
Строка 2:
 
{{Материалы|проекта|RNAInSpace}}
 
== Моделирование промежуточных стадий сворачивания ==
 
При получении третичной структуры, которая получается во время сворачивания, часто внимание уделяется только получению конечного состояний - свернутого состояния. Но получить свернутое состояние не пройдя так или иначе промежуточные состояния, то есть не моделируя сам ход сворачивания — невозможно. Надо, конечно, понимать, что мы принципиально не сможем промоделировать процесс сворачивания так как он идет в природе. На это есть как минимум две причины: (1) сворачивание разных частей РНК происходит параллельно, (2) сворачивание это такой же стохастический процесс как и "бурление воды в сильном потоке" (сравнимый с [[w:турбулентность|турбулентностью]]).
 
Потому нужно идеализировать этот процесс, разложив на последовательные шаги и найдя такие принципы, которые управляют стахостичностью во время сворачивания. Такие принципы, конечно связаны с гравитацией, а в частности с гидрофобностью. Но моделировать такие процессы статистически, как это часто делают ориентируясь на минимум энергии, бесперспективно. В лучшем случае тогда можно получить только очень грубые модели, и не понять причин процесса сворачивания.
 
Поэтому нужно ориентироваться на такие взаимодействия, которые определяют связи между конкретными атомами. Назовем их ''точечными взаимодействиями''. Примером таких взаимодействий могут служить водородные связи, которые возникают явным образом между двумя атомами, и сильно определяют стабильность третичной структуры. Для коротких фрагментов из одной спирали, достаточно моделировать только их, не учитывая прочие взаимодействия. Но для больших фрагментов РНК, состоящих хотя бы из двух спиралей процесс сворачивания становится сложнее.
 
Во-первых, в статье «[[Сравнение двух рибозимов]]» показано, что существуют такие водородные связи, которые удерживают две петли (L1 и L2) вместе, определяя их взаимное расположение.
 
Во-вторых, ориентирование на водородные связи, которые имеются в конечной стабильной третичной структуре может быть недостаточным. Это связано с тем, что во время сворачивания из произвольного состояния (а РНК в процессе сворачивания в мелких деталях именно произвольно), существует большая вероятность того, что цепь начнет сворачивается в "неправильном направлении". То есть так, что попадет в такое состояние из которого уже будет невозможно "выбраться" и сформировать конечное стабильное состояние.