Свобода колебаний в свернутой спирали РНК: различия между версиями

 

== Значение данного вопроса ==

 

Однофрагментные спирали РНК сконструировать сравнительно легко, если основываться на формировании необходимых водородных связей. Когда уже сконструированы, например, две спирали РНК, встает задача их определенным образом стековать. Как правило при стековании спиралей, нужно образовать дополнительные неклассические водородные связи между нуклеотидами петлей готовых спиралей.

 

== Как графически отобразить свободу колебаний взаимосвязанных углов ? ==

 

Если петля состоит из 7 нуклеотидов, при 6 углах главной цепи в каждом нуклеотиде, то существует 42 взаимосвязанных углов. Нужно отобразить возможность колебания этих углов графически, чтобы можно было увидеть некоторые закономерности. На рисунке выделены эти 42 области. Желтым цветом отмечены значения углов при которых не разрушается первая водородная связь, связывающая петлю. Каждой точке соответствует 0.1 градус. Красным цветом отмечено текущие положение угла. Начальное значение угла отцентрированное в каждой области приведено ниже области.

 

В рассматриваемом примере изменяются углы 15 нуклеотида 1, 3 и 5. Как можно наблюдать из такой "диаграммы свободы углов", не существует таких углов, которые не были бы взаимосвязанными (иначе бы желтая область была бы неизменна). Вопрос лишь в степени влияния и в каком направлении появляется свобода. Также можно видеть, что зависимость существенно не линейная и может быть описана с достаточной точностью только перечислением. Таким образом, найти общий закон взаимосвязи невозможно.