Промежуточные взаимодействия во время сворачивания РНК: различия между версиями

** Согласно ''Framework model'' вначале начинают формироваться элементы вторичной структуры в развернутой цепи. ''Modular assembly model'' предполагает что процесс сворачивания начинается с независимого сворачивания отдельных частей молекулы белка. Но в обеих моделях, вторичным структурам отводят центральную роль в определении пути сворачивания. Вместе эти две модели предполагают, что квазинезависимые области или подобласти белка могут свернуться в разное время, но каждое сворачивание запускает формирование вторичных структур (Ptitsyn 1987). Согласно ''Framework model'' сворачивание белка происходит в три гипотетических шага: (1) формирование вторичных структур локальными взаимодействиями при колебании развернутой цепи, (2) коллапс вторичных структур в компактную структуру при взаимодействий дальних групп с окружением среды, (3) перестановка уже компактных структур в уникальную нативную структуру.

** Особенность ''Framework model'' состоит в том, что белок стабилизируется тремя различными видами взаимодействий. На первом шаге стабилизируются вторичные структуры водородными связями, на втором шаге гидрофобным взаимодействием, и в последнем третьем шаге, нативной шаровидной структурой при взаимодействии сил Ван дер Вальса (Ptitsyn 1987).

* '''Nuclear Condensation model''' <ref>[http://hydra.icgeb.trieste.it/~pongor/biophys-homepage/Folding/Fersht_1997.pdf Fersht, A.R. (1997) Nucleation mechanisms in protein folding. Curr. Opin. Struct. Biol. 7, 3–9]</ref>

** Из начального состояния свернутые вторичные структуры формируются начиная с образования ядра до полного процесса сворачивания. Формирование вторичной структуры соединено с третичным формированием третичной структуры и нет никаких промежуточных звеньев на пути сворачивания.