|
# Для односпиральных цепей РНК форму при сворачивании предопределяют водородные связи. То есть достаточно добиться образования водородных связей и односпиральная цепь РНК будет соответствовать тому, что наблюдается в природе лишь с небольшими погрешностями в расположении боковых цепей нуклеотидов, которые не обладают водородными связями (как правило петля фрагмента).
# Для многоспиральных цепей РНК форма при сворачивании не полностью предопределяется водородными связями. Но наличие водородных связей между спиралями диктует нативное состояние РНК.
# Для многоспиральных цепей РНК форма при сворачивании не предопределяется водородными связями. То есть все водородные связи принципиально можно образовать при таких формах цепи РНК, которых не существует в природе, или которые существуют лишь в процессе сворачивания. Тем не менее таких вариантов существует не более десятка, в основном как различные виды симметрии или недосвернутого состояния. И кроме того, окончательно сформировать все водородные связи у неправильных структур так пока и не удалось, хотя 80% были сформированы, а оставшиеся были в очень близком удалении. Это может указывать на то, что неправильные структуры хотя и находятся близко к правильным (в энергетическом смысле, но не геометрическом), тем не менее водорные связи у них окончательно образовать сильно затруднительно.
# При моделировании сворачивания у РНК часто раньше соединяются концы фрагмента, а затем по направлению к петли (середине фрагмента). Это создает принципиальную невозможность для прямых расчетов, так как невозможно зафиксировать концы и рассчитывать изменения внутри петли, так чтобы не происходило движения на концах или не допустить разрыва цепи.
#: Поэтому важно удержать концы развернутыми до того как образуются водородные связи начиная с внутренней части фрагмента
=== Предложения ===
* Возможно, концы цепей надо нарастить временными "опалубочными", эка-теломерными сегментами нуклеотидов. С помощью которых удастся управлять правильным формированием 3D конфигурации всей цепи. Возможно, в процессе построения 3D структуры, при репликации--размножении цепи "теломерные" звенья на концах цепи отщепляясь, позволяют контролировать 3D структуры? {{unsigned|95.25.203.97}}
** Проблема сейчас заключается в том, что нельзя достаточно точно (грубо можно) соединить две спирали между которыми есть неканонические водородные связи, которые собственно и стабилизируют и определяют жесткое 3D положение многофрагментной РНК (например, рибозима). Проблема сугубо вычислительная (математическая, геометрическая), но достаточно сложная (нужен профессиональный математик!). Концы многоспиральной цепи в этом не принимают заметного участия, а для односпиральной цепи, конечно, концы цепи важны - но тут проблем не возникает. Поэтому "опалубочные" концы ничего нового не дадут при моделировании (возможно, в отличии от процесса "в пробирке"). --[[Участник:SergeyJ|S.J.]] 06:36, 2 августа 2011 (UTC)
== Базы данных углов РНК ==
| 