Третичные структуры транспортных РНК
Общие сведения править
Участие в синтезе белка (трансляции) править
В клетке имеется такое количество разных тРНК, сколько кодонов, шифрующих аминокислоты. У каждой тРНК имеется последовательность трех нуклеотидов, комплементарных нуклеотидам кодона в мРНК — антикодон. Специальный фермент - кодаза опознает тРНК и присоединяет к "черешку листа" аминокислоту - и именно ту, которая кодируется триплетом, комплементарным антикодону. На образование ковалентной связи между тРНК и аминокислотой затрачивается энергия одной молекулы АТФ.
Когда тРНК поступает на рибосому и антикодон узнает свой кодон мРНК, аминокислота должна оторваться от тРНК. Ha рибосоме имеется два участка для связывания двух молекул тРНК. В один из этих участков, называемый акцепторным, поступает тРНК с аминокислотой и присоединяется к своему кодону. Эта аминокислота присоединяет к себе (акцептирует) растущую цепь белка, между ними образуется пептидная связь. тРНК, к которой теперь присоединен растущий белок, перемещается вместе с кодоном информационной РНК в донорный участок рибосомы . В освободившийся акцепторный участок приходит новая тРНК, связанная с аминокислотой, которая шифруется очередным кодоном. Из донорного участка сюда вновь переносится оторвавшаяся полипептидная цепь и удлиняется еще на одно звено. Аминокислоты в растущей цепи соединены в той последовательности, в которой расположены шифрующие их кодоны в мРНК.
Когда на рибосоме оказывается один из трех триплетов (УАА, УАГ, УГА), являющихся знаками препинания между генами, ни одна т-РНК не может занять место в акцепторном участке. Дело в том, что не существует антикодонов, комплементарных нуклеотидам "знаков препинания". Оторвавшейся в донорном участке полипептидной цепи не к чему присоединиться в акцепторном участке, и она покидает рибосому. Синтез белка завершен.
тРНК Phe организма Escherichia coli править
- Phe tRNA - переносит Фенилаланин
Последовательность gcgcggauagcucagucgguagagcaggggauugaaaauccccguguccuugguucgauuccgaguccgcgcacca
T-петля править
Последовательность gcucagucgguagagc
- водородные связи:
13 22
12 23
11 24
10 25
A-петля править
Последовательность ggggauugaaaaucccc
- водородные связи:
31 39
30 40
29 41
28 42
27 43
D-петля править
Последовательность cuugguucgauuccgag
- водородные связи:
- u54-a58 (обратная хугстиновская)
- O2 = 2H6-N6
- N3-H3 = N7
- стандартные:
53 61
52 62
51 63
50 64
49 65
Верхняя петля править
- водородные связи:
7 66
6 67
5 68
4 69
3 70
2 71
1 72
Межспиральные связи править
Для дрожевой tRNA_Phe (на основании стр. 359 Zenger)
Контакты между A-T петлями править
- c25-g10 = g44 (замена g10-c25-g45)
- N7 = 2H2-N2
- u12-a23 = a9 (совпадает)
- N6-2H6 = N7
- N7 = 2H6-N6
- u8-a14 (найдена в образце, объясняет резкий поворот цепи)(обратная хугстиновская)
- O2 = 2H6-N6
- N3-H3 = N7
- c13-g22 = g46 (совпадает)
- O6 = 2H2-N2
- N7 = H1-N1
- g15-c48 (обратная уотсон-криковская) (совпадает)
- N1-H1 = O2
- N2-2H2 = N3
Контакты между T-D петлями править
- g18-u55
- N2-2H2 = O2
Стэкинг править
- 25-26-27
- 54-53
- 58-61
- 59-48
- 59-60
не учитываем править
- g26-a44 - не совпадает (a26-g44) слишком большое расхождение
- g10-c25-g45 - не совпадает (g10-c25-u45) слишком большое расхождение - вместо g10-c25-g44
- g4-u69 - не совпадает (есть стандартная c4-g69)