Участник:Evolution and evolvability/WikiJournal of Science/Virtual colony count
===Ericksen, Bryan (2020). «Virtual colony count». WikiJournal of Science 3 (1): 3. DOI:10.15347/wjs/2020.003. ISSN 2470-6345.
=
Количество виртуальных колоний (VCC) представляет собой кинетический 96-луночный микробиологический анализ, первоначально разработанный для измерения активности дефензинов.[1] С тех пор он был применен к другим антимикробным пептидам, включая LL-37.[2] Он использует метод подсчета бактерий, называемый количественной кинетикой роста, который сравнивает время, затрачиваемое бактериальной периодической культурой на достижение пороговой оптической плотности, с последовательностью калибровочных кривых. Название VCC также использовалось для описания применения количественной кинетики роста для подсчета бактерий в моделях инфекции клеточных культур.[3]
Тестирование чувствительности к антимикробным препаратам (AST) можно проводить на 96-луночных планшетах, разбавляя антимикробный агент в различных концентрациях в бульоне, инокулированном бактериями, и измеряя минимальную ингибирующую концентрацию, которая не приводит к росту. Однако эти методы нельзя использовать для изучения некоторых мембранно-активных антимикробных пептидов, которые ингибируются самим бульоном. Процедура подсчета виртуальных колоний использует этот факт, сначала подвергая бактериальные клетки действию активного антимикробного агента в буфере с низким содержанием соли в течение двух часов, затем одновременно подавляя антимикробную активность и вызывая экспоненциальный рост путем добавления бульона. Кинетику роста выживших клеток можно затем контролировать с использованием термопреобразователя с контролем температуры. Время, необходимое для каждой кривой роста для достижения порогового изменения оптической плотности, затем преобразуется в виртуальные значения выживаемости, которые служат мерой противомикробной активности.
В этой статье представлен краткий обзор опубликованных экспериментов с VCC, после чего следует презентация примера эксперимента с VCC, в котором исследуется влияние изменения инокулята клеток Escherichia coli при анализе на дефенсин HNP1. Файл Microsoft Excel, содержащий макрос, используемый для расчета порогового времени и анализа данных, также представлен. Эксперимент продемонстрировал выраженный инокулятный эффект при высокой инокуляции. Также сообщается о результатах пяти аналогичных экспериментов, показывающих различия между повторяющимися данными.
Full article in English at doi:10.15347/wjs/2020.003
- ↑ (2005) «Antibacterial Activity and Specificity of the Six Human α-Defensins». Antimicrob. Agents Chemother. 49 (1): 269–75. DOI:10.1128/AAC.49.1.269-275.2005. PMID 15616305.
- ↑ (2013) «Structural and functional analysis of the pro-domain of human cathelicidin, LL-37.». Biochemistry 52 (9): 1547–58. DOI:10.1021/bi301008r. PMID 23406372.
- ↑ (2018) «High-Throughput Quantification of Bacterial-Cell Interactions Using Virtual Colony Counts». Front Cell Infect Microbiol 8 (43). DOI:10.3389/fcimb.2018.00043. PMID 29497603.