FoldIt Wiki/Боковая цепь
Боковая цепь (англ. sidechain, устаревшее название - радикал).
Белки образуются последовательностями из 20 видов аминокислот. Единственное различие между этими аминокислотами - состав и вид их боковой цепи (обозначение R), которая связана с центральным атомом углерода у каждой аминокислоты.
Боковые цепи аминокислот в составе белка определяют, как и с какими другими химическими веществами белок может взаимодействовать. Боковые цепи также взаимодействуют друг с другом, определяя трехмерную структуру белков. Одним очень важным свойством боковых цепей является гидрофобность, которая определяет, как боковая цепь взаимодействует с молекулами воды.
В FoldIt, боковая цепь имеет вид геометрической фигуры, состоящей из коротких цилиндров. Короткие цилиндры представляют собой химические структуры неводородных элементов боковой цепи. Боковые цепи могут быть очень короткими, как у аланина, или даже не отображаемые при данном подходе, как у глицина. В то же время, боковые цепи могут быть сравнительно большими и сложными, как пятиугольник+шестиугольник в боковой цеми триптофана. Боковыми цепями можно управлять непосредственно, потянув с помощью мыши, или с помощью инструмента Shake Sidechains. Они также могут самонастраиваться во время различных действий.
Расположение боковых цепей является одним из ключевых элементов стратегии в FoldIt, и настолько важна, что имеет свою собственную статью.
Ссылки
править