RNAInSpace/Быстрое охлаждение

В методе „Быстрое охлаждение“ используется предельно упрощенная энергетическая оценка, основанная только на расчете близости водородных связей и отсутствии ковалентных связей между атомами разных нуклеотидов (естественно, за исключением связей фосфора, образующих цепь РНК).

Алгоритм метода „Быстрое охлаждение“ следующий:

1. Инициализируется переменные N = для задачи сворачивания РНК число нуклеотидов в цепочке; M_old = максимальное целое число;
2. Текущие состояние (S_t ) = Начальное состояние (S₀ )
3. For i=1 to N
   1. For j=1 to M (M – для задачи сворачивания РНК дискретное число разрешенных поворотов для i-го типа нуклеотида)
      1. Осуществляется поворот, получая состояние $S_{t+1}=f(S_{t},RotID=j,NucNumber=i)$
      2. Для состояния S_t+1 вычисляется функции полезности $f(x)$, определенная для конкретной задачи.
      3. Сохраняется значение $L_{j}=min(f(x))$
   2. Вычисляется $K_{i}=min(L)$
4. Фиксируется состояние, с поворотом, который дает минимум $M=min(K)$.
5. Если M < M_old , то переходим к п.6, иначе сохраняется M_old = M и переходим к п.2.
6. Процесс с п.2. повторяется, пока поворот каждого нуклеотида N в цепочке осуществится хотя бы один раз (это может сопровождаться возрастанием уже полученного минимума функции полезности).