RNAInSpace/Критерии оценки результатов моделирования сворачивания РНК

Эта статья — часть материалов: проекта RNAInSpace

Критерии оценки результатовПравить

Прежде чем оценивать результаты, нужно понять как их оценивать.

Строгий (первичный) критерийПравить

Самый важный критерий - это биологическая оценка:

  1. правильность соединения соответствующих нуклеотидов, согласно их вторичной структуре;
  2. близость полученной третичной структуры к третичной структуре полученной из ЯМР (ограничение масса < 30 кДа) или Рентгеноструктурного анализа (см. также w:en:X-ray_crystallography)

Упрощенный, но тем не менее базовый, - это информационная оценка по конечному результату учитывая два критерия:

  1. качество (минимальная энергия найденной цепи)
  2. скорость (затраченное время компьютерного моделирования).
  3. уровень автоматизации

Мягкий (вторичный) критерийПравить

С другой стороны, нужно иметь оценку насколько методы ИИ улучшают поиск по сравнению со случайным поиском. Причем это должна быть оценка, выраженная не только в сравнении конечных результатов. Так как методы ИИ способны обучаться, т.е. улучшать результаты, необходимо показать как эти результаты улучшаются со временем. Тут в качестве времени неудобно использовать физическое время моделирования, и нужно перейти к логическому времени. За единицу логического времени обычно берутся итерации. Но в нашем случае, это непригодно, так как мы изучаем целые последовательности - траекторию сворачивания. Поэтому за единицу логического времени будет взят отдельный эксперимент, проводимый с исходного начального положения.