Программное обеспечение Rosetta

Проект Rosetta

Rosetta@Home — проект распределённых вычислений, занимающийся вычислением трёхмерной структуры белков и РНК. Пассивное участие может принят каждый у которого есть компьютер даже не зная ничего об этом. Для этого достаточно скачать и установить соответствующие программное обеспечение (скачать). Чтобы вникнуть в проблему рекомендуется с этим ознакомится. Это позволит легко понять проблематику даже не зная теорию и не имея никакой практики.

Данная программа покажет графически ход вычисления трёхмерной структуры какого либо белка. Основой является поиск минимальной энергии, которую приобретает белок после сворачивания. В общем случае считается, что структура, которая обеспечивает наименьшую энергию является стабильной и in vivo (в живом организме) она имеет такую же трёхмерную структуру.

Трёхмерная структура белков или РНК важна потому, что от неё зависит функции того или иного белка. Не зная трёхмерной структуры, мы не можем понять как функционирует белок или РНК в клетке.

Программное обеспечение Rosetta

При участии в проекте Rosetta вы можете участвовать только пассивно, так как вам на компьютер будут присылаться задания, и они будут рассчитываться на вашем компьютере. Вы сможете только наблюдать за ходом расчётов, а точнее за отдельными его этапами, так как эксперименты планируются организаторами проекта, разделяются на задачи и посылаются участникам в произвольном порядке.

Поэтому чтобы самому спланировать и выполнить эксперимент вам понадобится собственное программное обеспечение. Существует полноценное программное обеспечение Rosetta (получить академическую лицензию и скачать).

• Документация пользователя версии 2.3
• Краткая справка о сворачивании РНК
• Rhiju Das and David Baker "Automated de novo prediction of native-like RNA tertiary structures" Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 104, 14664-14669, PDF версия
  текстовая версия - Оригинальная статья о моделировании сворачивания РНК
  наш анализ этой статьи