Модуль RNAWorld/RNACreate

Модуль RNACreate „Формирование 3-х мерной цепи РНК по ее первичной структуре“Править

Входные, выходные данныеПравить

Считывает файл с расширением .seq, содержащий первичную структуру РНК.

На выходе формирует два файла: промежуточный выходной файл с расширением .out и файл 3-х мерного расположения молекулы с расширением .pdb (стандартный файл, который можно просмотреть программами визуализации молекулярной структуры, например, VMD).

В заголовке файла .out приводится последовательность цепи. Далее следуют две строки SCORE - описание и значения энергетических характеристик РНК - они рассчитываются модулем RNAEnergyСalc и описаны ниже.

Далее для каждого нуклеотида приводятся 10 углов базовых атомов нуклеотида и координаты x, y, z нуклеотида. Дополнительные предметные детали см. Энергия связей аденин-урацил в РНК.

Основное содержимое .pdb файла это координаты x, y, z всех атомов цепи.

Формирование цепиПравить

  1. Рассчитать координаты x, y, z каждого атома системы
  2. Построить дерево связанных атомов
  3. Сформировать данные о 10 углах вращения (образуемые 4 атомами каждый) для каждого нуклеотида в цепи
  4. Рассчитать углы phi, theta, d для каждого атома системы