Модуль RNAWorld


RNAWorld - основной расчетный модуль программного обеспечения RNAInSpace.

Все авторские права самого программного обеспечения принадлежат основателю проекта Сергею Яковлеву, но участникам проекта программное обеспечение может быть предоставлено для реализации научных и образовательных целей.

РевизииПравить

Программное обеспечение находится в процессе разработки поэтому его описание будет появляться практически в интерактивном режиме.

Исходники данного ПО находятся в репозитории SVN, т.е. используется контроль версий. Для ознакомления список ревизий можно посмотреть здесь. Устаревшие версии помещены в АРХИВ.

  1. Изначально был выполнен реинжиниринг РНК расчетов из ПО Rosseta.
  2. №45 - Версия под кодовым названием "Тюнинг" (RNAFoldingAI 0.2). Осуществлен отказ от "обучения с подкреплением" (программно еще требуется отделить новый подход). Устранены ряд ошибок первичного реинжиниринга, реализовано Исправление оценки VDW, появились функции корреляционно-иерархического поиска.
  3. После создания RNAInSpace было существенна изменена концепция, были осуществлены отказы от ряда направлений разработки, признанных не перспективными. Вошло в RNAInSpace под общим названием Модуль RNAWorld

Развитие модулей/компонентовПравить

Было решено полностью переписать данное ПО, а точнее создать заново на современном языке C#. Но при этом как в плане изучения, так и тестирования, где это возможно ориентироваться на функциональность ПО Rosetta 2.3.

24.11.2010. - Концепции из кода Rosetta 2.3 более не используются, во всех отношениях признаны неудачными (за исключением, собственно, данных о биомолекулах и классических математических расчетов поворотов в пространстве).

Устаревшие версииПравить

  1. Расчет энергетических характеристик РНК. Реализовано Исправление оценки VDW. ✔ Стабильная версия - Не используется - нет необходимости в энергетической оценке.
  2. На базе модуля RNAWorld осуществить методы корреляционно-иерархического поиска ✔ Черновая версия
  3. Вспомогательные утилиты
    1. Run.exe - запускает основной модуль RNAFoldingAI, распределяя расчеты на несколько (по умолчанию на 6) процессов
    2. Sort.exe - Совмещение результатов от нескольких процессов (разделенных Run.exe) и их сортировка в зависимости от приближения к конечному состоянию

Стабильные версииПравить

  1. Формирование 3-х мерной цепи РНК по ее первичной структуре ✔ Стабильная версия Планируется замена модулем с более ясной и улучшенной концепцией.
  2. Вращение 3-х мерной цепи РНК ✔ Стабильная версия

Текущая разработкаПравить

  1. Управляющий расчетный модуль (Компонент RNAWorld) ✔ Базовая версия

Настроечные файлыПравить

Чтобы управлять отдельно взятым экспериментом нужно настроить некоторые файлы, информация из которых используется основным модулем RNAWorld

  • analyze.dat
  • covalent.txt
  • traj.dat

Заведомо бесперспективные подходыПравить

  • Поиск структуры с минимальной оценкой энергии цепи случайным перебором - данный модуль представляет собой исторический интерес, но именно этот подход используется повсеместно в биоинформатике. Наши исследования продемонстрировали, что подходы основанные на стохастическом поиске совершенно не пригодны для задачи поиска сворачивания белка или РНК, так как эквивалентны полному перебору, который для этой задачи невозможно осуществить за разумное время. В случае же случайного поиска требуемый глобальный энергетический минимум просто не будет никогда найден (вероятность близка к нулю, и не может быть постепенно улучшена). С данным подходом имеет смысл ознакомится как с наиболее простым, для начального введения в данную тематику.
  • RNAInSpace/X-тюнинг - выводится из разработки, по причине принципиально низкой скорости моделирования

ПримечанияПравить