Модуль RNAWorld/RNAEnergyСalc

Модуль RNAEnergyСalc „Расчет энергетических характеристик РНК“Править

БылоПравить

В ПО Rosseta для оценки энергии цепи РНК участвуют следующие составляющие:

SCORE = (VDW + RG) + (RNA_BS + RNA_BP_W + RNA_BP_H + RNA_BP_S) + (RNA_NONB + RNA_O2ST + RNA_PHOS) + (RNA_AXIS*0.2 + RNA_STAG)

Так как это просто разнородные оценки, кажется не самой лучшей идеей их все просто сложить. Как минимум каждый из компонентов может играть разную роль, то есть складывать их нужно умножая на определенные коэффициенты. В оригинальной версии Rosseta по умолчанию все коэффициенты выбраны =1.0 (кроме RNA_AXIS).

На данный моментПравить

Основная статья: Исправление оценки VDW

Используется следующая функция оценки энергии:

SCORE = (VDW * 3.0 + RG) + (RNA_BS + RNA_BP_W + RNA_BP_H + RNA_BP_S) + (RNA_NONB * 1.5 + RNA_O2ST + RNA_PHOS) + (RNA_AXIS*0.2 + RNA_STAG * 0.5 )

А также реализованы следующие уточнения:

  1. Учитывается для всех доступных атомов (20-23 шт.) нуклеотидов из 1FFK.pdb наибольшие расстояния между парами нуклеотидов, которые находятся на расстоянии <12 Å
  2. Учитывается для всех атомов (C, N, H, O) образование ковалентных связей, которых в структуре РНК быть не должно [1]

См. такжеПравить

ПримечанияПравить

  1. Естественно, за исключением фосфора (P), посредством которого соединяются между собой нуклеотиды