Направленные мутации иммуноглобулинов/Рецензия

Рецензирование - третий этап

Возможно Goga312 отважится по результатам предыдущих коррекций написать рецензию начисто. Или может кто-то еще захочет прорецензировать?

Здесь находятся завершившиеся обсуждения. Просьба не вносить изменений.

Читаем снизу вверх.

Перенесено со страницы Обсуждение:Направленные мутации генома имунноглобулинов/Резюме

Замечания по резюме

Не корректное название статьи, термин мутация относится только к ДНК и РНК, иммуноглобулин не является не одним из выше названных соединений. Если вам так хочется что бы термин мутация был в тексте то нужно переформулировать название. Пока что если корректно переформулировать то статья будет назваться механизм селекции иммунголобулинов или как то так. --Goga312 11:02, 29 ноября 2009 (UTC)
«Борьба иммунной системы с вирусами и бактериями — вторична, это совершенно не важно для эволюции. Ее первичная задача отличать „свой“ материал от „чужого“» Не корректное обобщение вирусы и бактерии то же чужие, Если я правильно понял вашу мысль то сказать нужно так. Основная функция иммунной системы отличать свои ткани своего организма от чужих, и борьба с вирусами и бактериями это лишь одно из проявления этой функции. Как то так должна выглядеть эта фраза. Goga312 11:02, 29 ноября 2009 (UTC)
"Организм сам себя не уничтожает. Значит, он накапливает опыт о «чужом материале», имеется система памяти, и классификация свой-чужой. Все это делает иммунную систему аналогичной нервной системе" Не корректное утверждение, организм сам себя не уничтожает не потому что накапливает опыт о чужом материале, вовсе не поэтому. А потому что содержит в геноме список всех своих тканей и их маркеров, и все что не совпадает с ними то считается чужим. Сравнение с нервной системой не корректное, иммунная система она более старая чем нервная, вы сравниваете гуморальную регуляцию с нейрональной, конечно они похожи они же обе регулируют. Мне непонятно зачем вы сравниваете иммунную систему с нервной? В что призвано иллюстрировать это сравнение? Goga312 11:02, 29 ноября 2009 (UTC)
"Закрепляется классификация с помощью отбора, но в отличии от видового эволюционного отбора — это происходит за несколько суток" Опять не корректное сравнение, тут нет отличия! Скорость отбора меряется в поколениях. Срок репродукции поколений у лимфоцитов не сравним со скоростью многоклеточных животных. Корректным будет сравнение только в поколениях. Например у лимфоцитов селекция за 30 поколений а у животных за 100 или как то так. Только такое сравнение будет корректным. Goga312 11:02, 29 ноября 2009 (UTC)
"Следствие 2: существование механизма не случайных, а направленных мутаций указывает на то, что видообразование происходит планомерно в зависимости от окружающих условий, которые имеются в памяти иммунной системы." Не совсем понятно что вы имели ввиду разъясните по подробней. Goga312 11:02, 29 ноября 2009 (UTC)
"Следствие 4: опыт нервной системы может передаваться по наследству." По моему слишком смелое утверждение опровергаемое современной наукой. Объясните мне что вы имели ввиду, может я вас не так понял, и как он передается? Goga312 11:02, 29 ноября 2009 (UTC)

Ок, название уточнил. S.J. 12:10, 29 ноября 2009 (UTC)

А может вашей цели будет лучше соответствовать название направленные мутации в геноме В-лимфоцитов? Goga312 12:17, 29 ноября 2009 (UTC)

Это как-то менее конкретно - В-лимфоцит - это клетка, а ее геном - это весь геном человека :) S.J. 12:21, 29 ноября 2009 (UTC)

В ДНК содержится информация только о "своих тканях" и все что им не соответствует считается чужим. - в том то и дело, что в ДНК изначально такой информации НЕТУ. S.J. 12:19, 29 ноября 2009 (UTC)

Где пруф к котом указано что типоспецифичность тканей не кодируется в ДНК. Возможно я чего то не знаю тогда укажите мне первичные источники. --Goga312 15:35, 29 ноября 2009 (UTC)

Ну, Вы же читали главы книги. Могу я попросить подтверждение вашему утверждению типоспецифичность тканей кодируется в ДНК ? S.J. 16:33, 29 ноября 2009 (UTC)

Возможно я что то при чтении пропустил, но в приведенной вами книге нигде не утверждается что В-лимфоциты не содержат в геноме стандартного набора антигенов, и генов гистосовместимости. Так говорится только лишь об специфическом иммунном ответе при встрече с новым антигеном. Ну вот можете ознакомится тут, ознакомтесь с HLA системой, ну или можете почитать в википедии начиная с этой статьи Врождённый иммунитет. Если что то непонятно будет можно рассмотреть этот вопрос подробней. Goga312 18:43, 29 ноября 2009 (UTC)

Т.е. Вы говорите теперь о Врождённом иммунитете ? Я же не прыгал и говорил о Приобретенном иммунитете. Поэтому у вас (у т.н. признанных ученных в целом) логика обратилась - все поставлено с ног на голову - в итоге рождаются логические парадоксы. Эволюционно врожденный иммунитет не может появится без приобретенного - это так очевидно, что не нуждается в доказательствах. Вы (снова в целом) же создаете парадокс - чтобы работала классификация свой-чужой (приобретенный иммунитет) необходим врожденный, а появится он без приобретенного не может. В итоге это никуда не годится, но почему-то удовлетворяет некоторых ученых. S.J. 18:57, 29 ноября 2009 (UTC)

Ну так надо тогда уточнять формулировку, что именно приобретенный иммунитет не содержит врожденных шаблонов. А то из вашей же формулировки можно понять что в организме вообще нет шаблонов. Мне кажется что первично врожденный или приобретенный иммунитет из разряда что было раньше курица или яйцо. На мой взгляд из современных научных знаний следует что не специфический врожденный иммунитет первичен, ведь им обладают да же простейшие организмы. Предложенная вами теория весьма спорна, особенно в том изложении в котором она сейчас, некорректные формулровки дискредитируют те здравые мысли которые в ней содержатся. Над текстом еще работать и работать. --Goga312 20:11, 29 ноября 2009 (UTC)

Уточнил S.J. 23:55, 29 ноября 2009 (UTC)

организм сам себя не уничтожает не потому что накапливает опыт о чужом материале, вовсе не поэтому. А потому что содержит в геноме список всех своих тканей и их маркеров, и все что не совпадает с ними то считается чужим. Это мне кажется спорное утверждение. А точнее совершенно противоречит утверждениям из статьи. В геноме он не содержит никакого списка ! Происходит отбор. Свои считаются своими только потому, что они встречаются первыми и это закрепляется. Иначе происходит именно запоминание информация о чужом материале, точнее как с ней бороться (т.е. антиинформация - но от этого она не становится информацией о "себе") S.J. 12:28, 29 ноября 2009 (UTC)

Ну как бы содержит HLA система она действует совместно и в норме не дает нарабатывать антигены на свои антитела. Специфический гуморальный ответ это не сферический конь в вакууме, он тесно переплетен с множеством других механизмов иммунного ответа. Goga312 20:11, 29 ноября 2009 (UTC)

Сравнение с нервной системой не корректное .. конечно они похожи они же обе регулируют. Вы в одном предложении написали две совершено противоположные вещи :) Сравнение естественно не в похожести механизмов, а по сути - обладание памятью. S.J. 12:34, 29 ноября 2009 (UTC)

Что это сравнение должно иллюстрировать, из самой аналогии это совершенно не понятно.

Ученые очень интересные люди :) то что очевидно и важно простому человеку - им совершенно не понятно :) Если серьезно, полноценно это не может быть понятно из данной статьи. Для этого надо как минимум написать еще одну. S.J. 16:39, 29 ноября 2009 (UTC)

Корректным будет сравнение только в поколениях. Тут важно не число поколений, а то как быстро они сменяются. S.J. 12:38, 29 ноября 2009 (UTC)

Именно, что скорость смены поколений разная и именно количеством их определяется объективная скорость эволюции. Goga312 12:53, 29 ноября 2009 (UTC)

Я отмечаю лишь факт "скорость смены поколений разная" - остальное не важно. Точнее даже не это, а именно то что написано - скорость измеряемая во времени. Измерять мне в поколениях или в минутах - это мой выбор. Более того мерить в поколениях нет ни какого смысла, когда не знаешь сколько их и сколько длится каждое - я это не знаю, и это не важно. А в минутах важно, т.к. мы видим здесь ускоренно то, что длится столетиями. S.J. 12:58, 29 ноября 2009 (UTC)

Ну если вы хотите сказать что мы на примерах В-лифоцитах видим модель эволюции надо так и сказать. А то при ваше сравнении понимается так что при селективном мутационном процессе эволюция идет в сотни раз быстрее чем при типичном. Goga312 15:35, 29 ноября 2009 (UTC)

Тут Вы хорошо сформулировали - дополню. S.J.

"Следствие 2" - то, что не хромосомные мутации являются основой видообразования. Они могут на это влиять - но это вредные мутации (т.е. тут полностью согласен с креоционистами), но вместо этого есть другая движущая сила - это именно этот механизм направленных мутаций.

Вы представляете себе механизм формирования половых клеток? Как идет гистогенез сперматозоидов и яйцеклеток, в особенности яйцеклеток? Goga312 15:35, 29 ноября 2009 (UTC)

Мне незачем это знать, так как следствия основаны просто на логическом выводе. S.J. 16:17, 29 ноября 2009 (UTC)

Барьер Вайсмена - проницаем. S.J. 16:28, 29 ноября 2009 (UTC)

"Следствие 4" - вы все поняли правильно. Нет оно не опровергается - это плохо изучено. S.J. 12:47, 29 ноября 2009 (UTC)

Если утверждение спорное то он в особенности должно быть подтверждено ссылками на авторитетные источники, принцип достоверности при проведении исследований никто не отменял. Исходя из позиций современной науки наследование приобретенной в процессе жизни информации в генах не возможно, если у вас есть противоположные данные я хочу видеть ссылки на источники информации. Goga312 15:35, 29 ноября 2009 (UTC)

Касательно правил Викиверситета: прогресс в получении знаний и обучении может быть обусловлен изучением/внедрением новых идей, которые могут находиться вне традиционных представлений о существующих знаниях, убеждениях и мышлении, Викиверситет позволяет исследователям изучать различные точки зрения до тех пор, пока исследование соответствует высочайшим стандартам научной этики - поэтому Вы не правы, я могу делать такие утверждения без авторитетных источников. Во вторых, Вы как рецензент имеете полное право указать, что это следствие не соответствует возрениям современной науки (и тут ваших заверений будет мало, нужны будут ссылки), но это не запрещает мне декларировать не согласие. И наконец, Вы поняли с каких позиций это было сказано ? Это чисто логически не противоречивое построение исходя из выше описанных фактов - там совершенно не случайно написано, что это следствия. S.J. 16:17, 29 ноября 2009 (UTC)

Чтобы было еще более понятно - здесь в резюме статус следствий - это философия биологии, показано логически правдаподобные утверждения. Это не означает, что это в точности и в действительности так, и в пояснении поэтому написано, что реальные биологические механизмы могут быть как минимум сложнее и не прямыми. Поэтому с одной меркой научности к статье подходить нельзя. Философские утверждения делаются всегда как ориентир который затем исследуется и не наоборот. Поэтому если Вы подходите с точки зрения науки - то считайте это риторическими вопросами или гипотезами, ваша рецензия через примечание как раз может указать эту позицию - и на это я шел совершенно сознательно. S.J. 16:26, 29 ноября 2009 (UTC)

Тогда нужно ввести шаблон что статья или работа содержит не признанные официальной наукой утверждения. Все таки мне кажется не правильным в одном тексте мешать философские общение и естественно научный текст. Если вы хотите делать какие то философские обобщения в рамках данной работы то их надо бы вывести в отдельный раздел что бы не путать читателя. Разделить так сказать конкретные факты и ваши гипотезы. Что бы читатель не перепутал их между собой. Я вижу в этом случае структуру статьи таким образом, в начале идут разделы содержащие корректные описания процессов происходящих в организме, а потом идет обобщающий раздел с вашей философией и гипотезами. Я думаю такое строение статьи будет наиболее логичным. И значительно облегчит понимание того что вы хотели изложить читателем. У него не будет необходимости продираться сквозь описание механизмом генетической механики, что бы ознакомится с вашими выводами. Те кто захочет почитать о механизмах почитает, те кто захочет ознакомится только с вашими обобщениями то же сможет это сделать. Goga312 18:22, 29 ноября 2009 (UTC)

Вот - согласен ! Но с уточнениями - не статья в целом (в данном случае) а именно раздел. И этот раздел это и есть следствия в резюме. Сейчас я добавил еще один раздел Механизм отбора в иммунной системе на него можно повесить шаблон Гипотеза (но не целиком - там пять пунктов - какие по вашему уже признаны наукой ? ), а на раздел следствия - шаблон Философские возрения. Согласны ? (тогда пойду разрабатывать эти шаблоны). S.J. 18:41, 29 ноября 2009 (UTC)

Ну в принципе почему бы и нет. Нужен еще шаблон для не отрецензированных статей с сомнительным содержанием. Что бы с его помощью предупреждать читателя и привлекать внимание рецензентов к необходимости оценки статьи. Ну или просто шаблон для не отрецензированной статьи, типо статья не проходила рецензирования может содержать не достоверную информацию или как то так, что бы читатель мог сориентироваться как относится к данному исследованию. Goga312 18:49, 29 ноября 2009 (UTC)

Изложил здесь Викиверситет:Авторская работа S.J. 23:28, 29 ноября 2009 (UTC)

Возврат к плану

Итак, теперь думаю можем возвратится ко второй роли резюме - напоминаю, что с помощью его я хотел добиться, чтобы Вам (и потом читателю) стали понятны задачи и цели работы, и Вы могли бы рецензировать и помочь с формулировками. S.J. 00:45, 30 ноября 2009 (UTC)

Надо будет вычитать тексты статей все более-менее корректно сформулировать. По резюме надо почитать подумать как сделать что бы было все наиболее доступно. --Goga312 10:04, 30 ноября 2009 (UTC)

Курица или яйцо

Это ответвление от рецензирования, но думаю вкратце имеет смысл обсудить.

Мне кажется что первично врожденный или приобретенный иммунитет из разряда что было раньше курица или яйцо. На мой взгляд из современных научных знаний следует что не специфический врожденный иммунитет первичен, ведь им обладают да же простейшие организмы.

Это к сожалению в данный момент так - и таких вопросов в науке очень много. И в частности, именно их я хотел бы вкратце поднять на нашей Викиверситет:Конференции. Почему то ученные любят загонять себя в этот порочный круг без надежды на выход.

Есть такое направление в психологии - парадоксальная психология, так вот там участник поставлены в рамки и не могут никак выйти из таких порочных кругов, и задачей является предложить им как бы не взгляд на плоскости, а переход в трехмерность - только так можно дать ответ.

И тогда очень много проблем решаются. В частности и эта. Дело в том, что простейшие организмы не обладают ни каким иммунитетом. То чем они обладают - это всего лишь прообраз будущей иммунной системы. Точно так же как сигнальные G-белки имеются в дрожжах и если не путаю, в некоторых протеобактериях. А это основа нервной системы. А утверждать, что протеобактерия имеет врожденную нервную систему - не серьезно, правда ? Точно так же не серьезно утверждать, что простейшие имеют иммунную систему.

Конечно у всего есть своя предистория так сказать. Но пока не появилась механизмы преобретенной иммунной системы - говорить о появлении врожденной не корректно. То что было это был всего лишь прообраз.

Теперь когда она появилась не забываем, что она наследственно передается сквозь поколения. И то что приобрелось и передалось по наследству перешло из преобретенной иммунной системы во врожденную. И ее наличие как раз и является подтверждением наличия этого наследственного процесса.

Ну, и потом - процесс то другой. В генах врожденного иммунитета организма НЕТУ информации о "себе", т.е. нету такого набора белков, который позволил бы распознать все свои части (другие белки) - саморекурсии нету. А раз так механизмы врожденного иммунитета не могли работать как приобретенный. А вот тот прообраз создал сразу приобретенный.

Это прообраз наверняка основывался на другом механизме, например, белках участвующих в клеточной памяти ... т.е. очень близком механизме регуляции (гомеостазе), но который выполнял совершенно другую роль.

Такой же вопрос с тем как возможна рибосома ? И собственно жизнь - создание белков. И если смотреть на текущее положение - это сново парадокс. Известно, что рибосома содержит белки и производит белки .. так как возможно создание первого белка ? И ответ нашелся - мир-РНК ... так и выше есть прообраз иммунной системы, но это не врожденный иммунитет. S.J. 01:16, 30 ноября 2009 (UTC)

Ну собственно G белки это гумморальная регуляция, она есть у всех эукараиот, и только с появлением многоклеточных организмов возникла специализация клеток и нервная система. Ну собственно теорий возникновение жизни много, мы как бы в рамках этой статьи этот вопрос вроде как не рассматриваем. Goga312 09:59, 30 ноября 2009 (UTC)

Да, и замете еще - что у тех у кого нет еще иммунной системы - в растениях - эволюция идет по Ламарку, т.е. приобретенные признаки именно наследуются. S.J. 01:28, 30 ноября 2009 (UTC)

Вообще то при половом размножении не наследуются. Возьмите классический пример с яблоней. Если вы посадите семечко от яблока вырастет типичный дичок, какое бы вы крупное яблоко не использовали. А вот если вы привьете саженец на этот дичок тогда таки да вырастет яблоня идентичная родительской. Так что все далеко не так однозначно. Goga312 09:55, 30 ноября 2009 (UTC)

Перенесено со страницы Обсуждение:Механизм мутаций генома иммуноглобулинов

Вторичное рецензирование и разработка плана работы

Как это иммуноглобулин это же не белок ? Именно, что он белок ! S.J. 03:18, 29 ноября 2009 (UTC)
что бы понять о чем вы пишите должен уже знать что такое гумморальный иммунитет, что такое В-клетки, о их пролиферации и дифференцировке, о антигенах и антителах, и вообще представлять себе устройство системы имунного ответа. Вам не кажется что для науч попа это все же чересчур? - Это основное с чем я не согласен. Даже наоборот - считаю что именно это может сильно запутать. У меня есть опыт - это я сам :) То о чем Вы пишите - хорошую половину я сам не знаю, и считаю что это не обязательно знать, чтобы понимать процесс. Конечно осветить данные вопросы можно и нужно - но отдельно от статьи. Не знаю может это лишь у меня так работает мозг - когда не зная ничего ни одного термина я могу понять суть излагаемого. Но как минимум главное соблюсти принцип "Чтобы за лесом были видны деревья". Про В-клетки - хорошо в оригинале у меня присутствовало их описания - дам в качестве первого раздела - снимет ряд вопросов - тогда посмотрим что останется. Но надо ОЧЕНЬ постараться убрать лишние термины, или хотя бы не вводить новых. По сути термины антиген и антитела очень путают. Я понимаю, что это исторически сложившиеся термины - но они очень не корректны с точки зрения здравого смысла. Это приставка анти совершенно не говорящая - совершено не зачем понимать анти к чему ?. ген - совсем не ген - это белок (или РНК). тела - совсем не тела - это сново белок . В итоге два вида белка - это какой слой непонимания сразу убирается. Научно-популярные статьи - их сложнее писать, так как нужно возвратиться к простому изложению согласующему со здравым смыслом, а научный язык зачастую от этого уходит. S.J. 03:40, 29 ноября 2009 (UTC)

Относительно антигена вы не совсем верно представляете этимологию слова. Тут ген не в смысле ген, а в смысле генезис, то есть противоположно созданный. Без использование терминов антиген и антитело не возможно корректное изложение вопроса, если вы в них путаетесь то можно же их викифицировать и читатель тогда может посмотреть что значит термин. Уменьшать спц терменологию не нужно она корректно отражает суть нужно лишь переформулировать так что бы читатель понял значения терминов, вводить из в текст постепенно, вы же наверняка видели как пишется хороший науч поп, все спец термины есть, но их значение объясняется по ходу повествования и читатель походу статьи уже свободно оперирует ими. В отличии от плохого научпопа где термины заменяются не корректными обобщениями, и читатель получает искаженную информацию, на основе которой делает непонятные выводы, и проверить её в проф статьях не может потому что терминологией не владеет, науч поп его не научил. Вот так писать не надо. Надо писать как в 2 случае, с проф терминологией, но водить ее плавно постепенно разъясняя суть терминов, так что бы после прочтения материала читатель мог оперировать терминами, и был способен воспринять материал из более специализированных источников. Goga312 10:34, 29 ноября 2009 (UTC)

ген, а в смысле генезис - вот это новость :) это конечно, что-то объясняет, но одновременно как я и говорил - очень не удачный термин. S.J. 13:25, 29 ноября 2009 (UTC)

По поводу плана - в принципе согласен. Нужно обдумать. S.J. 03:40, 29 ноября 2009 (UTC)
На термине мутация - я настаиваю - это основа работы. Считаю наоборот неправильным затенять то, что нужно выпячивать. S.J. 03:48, 29 ноября 2009 (UTC)

Направленные мутации генома отвечающего за синтез антител в принципе еще как то корректно, но мутации иммуноглобулина это однозначно не корректный термин.
Мута́ция — стойкое (то есть такое, которое может быть унаследовано потомками данной клетки или организма) изменение генотипа, происходящие под влиянием внешней или внутренней среды. Процесс возникновения мутаций получил название мутагенеза.
Иммуноглобулин не разу не генотип, это не ДНК и не РНК, корректно можно говорить только лишь о соматической вариабельности или соматической перестройке иммуноглобулинов. Использование термина мутации иммуноглобулинов сразу дискредитирует статью. В глазах сколько-нибудь знакомых с предметом людей. Используйте ради бога термин, но делайте это корректно. Иначе вы дискредитируете свою работу, вместо популяризации будет только дискредитация идеи. --Goga312 10:24, 29 ноября 2009 (UTC)

У вас очень тяжелый стиль изложения - это я знаю :) Но это проблема не стиля изложения - это проблема концентрации смысла так сказать. И нужно очень постараться чтобы она не превратилась в воду научного безобразия. S.J. 03:56, 29 ноября 2009 (UTC)
Пример с кровью. То что я хотел им сказать там написано: иммунная система борется не только с вирусами и бактериями, но и с любыми чужеродными для организма элементами, несмотря на то, что организму в целом необходимы эти элементы (например, эритроциты). Таким способом пресекается всякое грубое внешнее вмешательство в организм.. S.J. 04:06, 29 ноября 2009 (UTC)

Ну это как бы гомеостаз, организм поддерживает постоянство по всем показателям в том числе и по антигенным. Goga312 09:59, 29 ноября 2009 (UTC)

В принципе с планом мне как то сложно - там по тексту все написано, я понимаю что Вы не понимаете, а я не понимаю что Вы не понимаете :) вот такой вот каламбур получается. Давайте попробую из имеющихся фраз составить план - в итоге думаю будет то что нужно. S.J. 04:10, 29 ноября 2009 (UTC)

Я написал заключение Направленные мутации имунноглобулинов/Резюме - первые пять пунктов думаю многое прояснят о задачах (план) изложения и сделанного обзора. S.J. 05:19, 29 ноября 2009 (UTC)

Ok замечания напиши на странице обсуждения резюме. Goga312 10:04, 29 ноября 2009 (UTC)

Первичная рецензия и уточнения от автора

Мне кажется о гене антител говорить не корректно, как я понимаю имеется ввиду расположение в геноме данных о белковых компонентах антител. В существующем виде фраза не корректна. Goga312

На мой взгляд идет речь о нескольких генах, из которых затем будет сформирован ОДИН белок иммуноглобулина. S.J. 15:45, 26 ноября 2009 (UTC)

Ну это и называется альтернативным сплайсингом. В принципе это не противоречит моим знаниям. --Goga312 21:09, 27 ноября 2009 (UTC)

~~Что же тогда просто сплайсинг ? Точнее когда его называю альтернативным, а когда просто сплайсингом ?~~ Понял. S.J. 23:10, 27 ноября 2009 (UTC)

Опять же чителю непонятно домены чего, хотя бы кратко про структуру антитела надо сказать. Goga312

Уточнил, о структуре вкратце было сказано ранее, и не является предметом обзора (работы). S.J. 15:56, 26 ноября 2009 (UTC)

300 к оснований это не так уж много, вполне средний промежуток. Тем более из текста не ясно рапакованная это днк или фиксированная. Goga312

Убрал "огромная", но промежуток тем не менее есть и его нужно объяснять. рапакованная это днк или фиксированная - что это значит ? S.J. 16:04, 26 ноября 2009 (UTC)

Возможно не совсем удачная формулировка, ДНК как известно в хромосоме находится в 2 видах, доступном для репликации, и в свернутом то не доступном для репликации виде, в разных клетках для репликации доступны разные участки, поэтому функции клеток и отличаются. Не помню к сожалению корректный научный термин. --Goga312 21:09, 27 ноября 2009 (UTC)

Опять же не корректно, учаток днк не формируется он или есть ли нет, цепи могут сближать для удобства синтаза М-РНК но прыгают гены только при делении. В остальное время в ДНК они неподвижны, находятся в конкретной последователньости. Если это не так то дайте статью я почитаю на эту тему. Goga312

Ключевая фраза в том, что ДНК может изменяться в соматических клетках по отношению к "зародышевой линии". Или вы против этого возражаете ? S.J. 16:06, 26 ноября 2009 (UTC)

Насколько я знаю в соматической клетке ДНК в норме не изменяется. По крайней мере нас учили именно так. ~~Если это не так то дайте пруфы на АИ по данным вопросам я почитаю расширю свой кругозор.~~ В общем почитал, ДНК действительно само по себе не изменяется, просто в статье не корректное описание процесса соматических мутаций. Изменение идет через М-РНК и обратную транскриптазу, что уже не противоречит тому что я знаю. В общем подробней я писал выше. --Goga312 21:09, 27 ноября 2009 (UTC)

То есть вы утверждаете что именно в ДНК происходит кроссинговер в рамках пролиферации. Не в М-РНК а именно в ДНК? Я правильно понял? Goga312

Именно так ! S.J. 16:30, 26 ноября 2009 (UTC)

<Возможно я чего то не знаю но это утверждение противоречит моим знаниям, возможно с момента обучения стало известно что то новое что нам не преподавали, тогда дайте мне ссылки на эти научные статьи. Я ознакомлюсь сделаю выводы. --Goga312 21:10, 27 ноября 2009 (UTC)

Перечитал 5 главу как раз в М-РНК происходит перестановка а потом уже с этой М-РНК обратной транскриптазой синтезируется ДНК которая и замещает базовый фрагмент на этом участке. Возможно вы сами не поняли механизм процесса или не корректно его сформулировали. Вобщем см. выше. --Goga312 22:05, 27 ноября 2009 (UTC)

Возможно формулирую я не очень точно - это от отсутствия специального опыта в этой теме. Возможно некоторым местам я не предал большого значения, но в принципе я понимал верно. S.J. 23:02, 27 ноября 2009 (UTC)

Рецензирование

Несколько хромает стиль изложения, нет ссылок на используемые в качестве основы работы источники информации. Вопросы и замечания изложу в виде примечаний. Главная проблема эту ужасная каша при описании процесса и путаница между изменениями ДНК и синтезом с нее М-РНК. Пока что из за этой путаницы терминов статья и выглядит как фейк. Зачастую непонятно что имеется ввиду то ли синтез матричной РНК тогда все логично и в принципе на первый взгляд не вызывает недоверия, или перепрыгивание и вырезание генов из генома функционирующей клетки, что явный бред исходя из моих знаний. Или имеется ввиду процессы рекомбинации при делении клетки? В общем тут непонятно что имелось ввиду. Эти прыжки от одного к другому без переходов, и пояснений сильно затрудняют понимание. Судя по всем косвенным признакам и ферментам все же речь идет о М-РНК, но постоянное упоминание ДНК и генов очень здорово затрудняет понимание, то ли автор путает термины то ли не понимает сути процесса. В общем в первую очередь надо разобраться с терминологией. На все не тривиальные утверждения нужна литература откуда они взяты. Особенно если действительно автором имелись ввиду изменения генома клетки при синтезе антител, я в это не поверю пока не увижу АИ. Возможно имелись ввиду рекомбинации генов перед синтезом антигенов при делении клеток в костном мозге, но написано так что понять что имелось ввиду не возможно. Если нет то это противоречит всему чему меня учили. Теперь частные замечания.

Дальше по тексту не имеет смысла рецензировать пока не решен вопрос с терминологией.

Вообще я подумал. и как я мне кажется автор пытался описать Альтернативный_сплайсинг. Я прав? --Goga312 15:19, 26 ноября 2009 (UTC)

Тогда прочтите Э.Стил, Р.Линдли, Р.Бландэн Что, если Ламарк прав? Иммуногенетика и эволюция. — М.: «Мир», 2002. главы 3, 4, 5 в полном объеме. Думаю это не только то, что вы думаете, но и то что написано. Когда прочитаете начнем разбираться. S.J. 15:39, 26 ноября 2009 (UTC)

Кстати, я надеюсь Вы начали читать не отсюда, а прочитали 3 предыдущих раздела ? S.J. 16:09, 26 ноября 2009 (UTC)

Прочитал, в них есть мелки неточности, но это не так принципиально, нужно разобраться с соматическими мутациями в ДНК сначала. --Goga312 22:00, 27 ноября 2009 (UTC)

Альтернативный сплайсинг тут вроде как не причем, да есть спласинг но вполне обычный. Дело тут скорее и важнее в использовании обратной транскрипции S.J. 22:27, 26 ноября 2009 (UTC)

Прочитал, очень не однозначная книга, содержит ряд фактических ошибок, автор делает не совсем корректные обобщения видимо это связанно с тем что это науч поп. Хотелось бы почитать в каком нибудь авторитетном источнике еще более подробно про механизм соматической перестройки ДНК. Все таки книга научно популярная, многие важные моменты опущены, часть видимо сознательно упрощены, не всегда упрощения корректны и возникают фактические ошибки. Перечитал 5 главу в принципе теперь стало понятно и не противоречит имеющимся у меня знаниям. Просто у вас в статье написано не корректно и можно понять что при пролиферации происходит соматическая перестройка, то есть мутации при делении клеток причем при каждом делении, а процесс работает то вовсе не так. Сначала идет альтернативный сплайсинг с ошибкой считывания на М-РНК, а уже с М-РНК обратной транскриптазой происходит синтез участка ДНК, который заменяет один из оригинальных кусков. А от прочтения вашей статьи складывается совершенно противоположное впечатление, что сначала непонятым образом прыгают гены в геноме, а потом идет синтез М-РНК. В общем статью надо коренным образом переработать. А в первые 3 внести стилевые правки и уточнения. В настоящее время это очень не корректный пересказ того что было изложено в книге, по сути механизм соматической мутации из вашей статьи понимается противоположным образом чем это описано в книге. Вы поняли в чем проблема изложения материала в данной статье? Или нужны более конкретные замечания? --Goga312 21:35, 27 ноября 2009 (UTC)

Начнем с того, что "можно понять что при пролиферации происходит соматическая перестройка, то есть мутации при делении клеток причем при каждом делении". Судя по всему Вы и только Вы поняли так. Нигде в статье не сказано, что мутации при делении клеток. Я очень рад, что теперь мы говорим об одном и том же. Теперь осталось понять почему Вы поняли не так, а следовательно как построить статью, чтобы не изменив ее размера такое нельзя было понять привратно. И без Вас мне это будет сделать очень сложно. Поэтому предлагаю не просто замечания - а совместные правки ? Или вначале попробуете перерецензировать ? Мне кажется вначале Вы просто внимательно не дочитали до конца - в моем варианте также говорится о сплайсинге и обратной транскрипции, но согласен, что это может быть не очень понятно. S.J. 22:58, 27 ноября 2009 (UTC)

В принципе теперь я понял Ваши основные возражения, действительно было путано написано. Посмотрите стало ли лучше - я немного поправил. Причина в том, что автор книги действительно излагает более популярно, т.е. с легкостью называет геном, то что находится в мРНК. Когда я читал ее первый раз - а было это лет 5 назад, для меня это было в новинку и мне по сути было без разницы. Но решил сильно упростить изложение, выбрав самое важное, и добавив то, что было мне тогда не ясно. В итоге процесс я понимал смутно, но это послужило начальной точкой мое интереса. Затем я уже отдельно сталкивался с понятием сплайсинга и обратной транскрипции. Но вот перенеся сюда не задумался над текстом, в общем он излагал правильно. Поэтому я вначале даже не понял о чем вы. А вы судя по всему наоборот - о чем я :). Теперь вроде разобрались. Спасибо за рецензию скажу отдельно. S.J. 00:05, 28 ноября 2009 (UTC)

Переформулировал 2 абзац, теперь неправильное понимание процесса будет менее вероятно. Теперь надо работать и работать над стилем и качеством изложения остального материала. Пока что текст разорван не дает цельной картины. Содержит ряд не совсем корректных обобщений. прежде чем приступить к работе над текстом нужно определится для какой цели он написан. Какова его функция и сходя из этого надо его улучшать. За образец таких текстов я бы посоветовал вам взять хорошие статьи из википедии по молекулярной биологии, написано ясно четко без путаницы понятно и без не корректных утверждений. В общем нужно составить план работы по улучшению данных статей. На первый взгляд где то 50-60% материала придется переработать. Потому что если сей опус увидит специалист в данной области он прочитав 3-4 абзаца плюнет и не будет читать эту ересь разгребая формулировки и неточности в поисках истины которую хотел донести автор. А не специалист ничего не поймет или поймет не правильно. В общем пока что текст очень слаб. Goga312 07:48, 28 ноября 2009 (UTC)

Ну основная цель - это задать риторический вопрос: А что если этот механизм мутирования влияет на видообразование ?. Поэтому зря Вы его убрали :) Далее. Это НИ В КОЕМ СЛУЧАЕ не предполагает научной статьи. Статья должна остаться научно-популярной. В первую очередь она должна кратко и по сути рассказать данный механизм не специалисту. Поэтому она не должна изобиловать терминами - кроме альтернативный сплайсинг и обратной транскрипции. Насчет не совсем корректных обобщений - это уточните, я не понимаю о чем Вы. не дает цельной картины - это тоже уточните, т.к. мне этот текст дал на столько цельную картину, что трудно не переоценить :) S.J. 10:51, 28 ноября 2009 (UTC)

Еще примеры Википедии сознательно не годятся, это не статья в энциклопедию - это авторская обзорная работа (т.н. вторичное исследование). S.J. 11:02, 28 ноября 2009 (UTC)

Ну этот вопрос как то не вытекает из статьи, все равно что рассказывать о рыбах и их дыхании под водой, а потом задать вопрос. А не дышат ли бобры жабрами? Как то немного не логично. Если вы хотите рассмотреть вопрос влияния обратной транскрипции с М-РНК на эволюционный процесс то эта статья должны быть только введением. А дальше должны рассматриваться примеры генетической изменчивости по данному механизму. Из данного материала, после переработки, можно сделать хорошую научно популярную статью о процессе селекции антигенов с помощью В-лимфоцитов. Goga312 12:56, 28 ноября 2009 (UTC)

Да, действительно - это только введение. Но этим вопросом я хотел бы добиться лишь - одного: что читатель задумался о данном вопросе. Осветить его это дело будущего. Иногда важно просто поставить направляющий вопрос. S.J. 03:12, 29 ноября 2009 (UTC)

Относительно обобщений например не совсем корректный пример с кровью, вообще иллюстрация вариабельности антител не очень показательная. Я как понимаю вы хотели на примерах показать как работают антитела, и что их может быть очень много отличающихся по составу. Этот раздел надо переработать. Goga312 12:56, 28 ноября 2009 (UTC)
Самое главное что мне не нравится в терминологии это использование термина мутация иммуноглобулинов и иммуноглобулин это же не белок, о мутации говорить не корректно. Правильней использовать соматическая вариабельность или соматическая перестройка. Или подобное, термин мутация тут неприемлем. Goga312 12:56, 28 ноября 2009 (UTC)
У вас очень тяжелый путаный стиль изложения это очень затрудняет понимание да же относительно простых вопросов. Я предлагают начать переработку следующим образом. Вы составляете план что бы вы хотели сказать в каждом из разделов, мы его корректируем, потом в соответствии с планом пишем текст. Я думаю так будет наиболее продуктивно. Давайте сначала составим общий план работы, а затем планы разделов. Так мы скоординируем работу и я буду знать что вы пытались сказать тем или иным куском текста. И смогу его стилистически править не исказив основную мысль. Goga312 12:56, 28 ноября 2009 (UTC)
Относительно цельной картины. Пока что в отрыве от контекста статья не дает сколько-нибудь цельного представления о вопросе. Пока что читатель что бы понять о чем вы пишите должен уже знать что такое гумморальный иммунитет, что такое В-клетки, о их пролиферации и дифференцировке, о антигенах и антителах, и вообще представлять себе устройство системы имунного ответа. Вам не кажется что для науч попа это все же чересчур? Нужно сделать самодостаточный продукт, который кратко введет читателя в курс дела, обяснить что такое иммунитет зачем он нужен что такое гумморальный иммунитет, что такое антитела и антигены, и зачем они нужны и т.п. Тогда статья будет цельно самодостаточной и действительно сможет кого то просветить. Goga312 12:56, 28 ноября 2009 (UTC)
Относительно терминологии, высшее мастерство специалиста и состоит в том что бы просто и доступно объяснить сложные вещи. Тем более вам доступен отличный инструмент викиразметка. Вы всегда можете все специфические термины викифицировать. В существующем варианте проблема возникает не из-за использования терминов, а из-за сочетания стиля изложения с не всегда корректной терминологией. Goga312 12:56, 28 ноября 2009 (UTC)

В общем как я писал выше давайте составлять план. Что должно быть в работе, и последовательно его осуществлять. Составить диздок, потом разбить задачу на подзадчи и последовательно их выполнить. И тогда у нас родится нормальная научно популярная статья. Если есть возражения по предложенной методологии и плану улучшения высказывайте их ниже. Goga312 12:56, 28 ноября 2009 (UTC)