RNAInSpace/Критерии оценки результатов моделирования сворачивания РНК: различия между версиями
Содержимое удалено Содержимое добавлено
SSJ (обсуждение | вклад) |
SSJ (обсуждение | вклад) |
||
Строка 3:
== Критерии оценки результатов ==
Прежде чем оценивать результаты, нужно понять как их оценивать.
=== Строгий (первичный) критерий ===
Но более важна биологическая оценка - правильность соединения соответствующих нуклеотидов, согласно их вторичной структуре.▼
Самый важный критерий - это ''биологическая оценка'':
▲
# близость полученной третичной структуры к третичной структуре полученной из [[w:Ядерно магнитный резонанс|ЯМР]]
Упрощенный, но тем не менее базовый, - это ''информационная оценка'' по конечному результату учитывая два критерия:
# качество (минимальная энергия найденной цепи)
# скорость (затраченное время компьютерного моделирования).
=== Мягкий (вторичный) критерий ===
С другой стороны, нужно иметь оценку на сколько методы ИИ улучшают поиск по сравнению со случайным поиском. Причем это должна быть оценка выраженная не только в сравнении конечных результатов. Так как методы ИИ способны обучаться, т.е. давать все лучшие результаты в течении времени, необходимо показать как эти результаты улучшаются со временем. Тут в качестве времени не удобно использовать физической время моделирования, и нужно перейти к логическому времени. За единицу логического времени обычно берутся итерации. Но в нашем случае, это не пригодно, т.к. мы изучаем целые последовательности - траекторию сворачивания. Поэтому за единицу логического времени будет взят отдельный эксперимент, проводимый с исходного начального положения.
| |||