Сравнение двух рибозимов

Эта статья — часть материалов: проекта RNAInSpace

Рибозим №1Править

Водородные связи спирали L1
  • 13-31
  • 14-30
  • 15-29
  • 16-28
  • 17-27
  • 18-26
Водородные связи спирали L2
  • 39-50
  • 40-49
  • 41-48
  • 42-47
Водородные связи верхней спирали L3
  • 11-54
  • 10-55
  • 9 -56
  • 8 -57
  • 7 -58
  • 6 -59
  • 5 -60
  • 4 -61
  • 3 -62
  • 2 -63
  • 1 -64
Водородные связи между спиралями (неканонические)
  • a46-u19
      • N6+2H6 - O2
      • N7 - H3+N3
  • a46-u24 (классическая)
      • N6+1H6 - O4
      • N1 - H3+N3
  • с32-g37 (классическая)

Рибозим №2Править

Вироидный рибозим NC_003540 с классической структурой типа “головки молотка” (Hamerhead ribozyme).

  • Первичная структура фрагмента RZ+ следующая: aagaggucggcaccugacgucgguguccugaugaagauccaugacaggaucgaaaccucuu.
  • Вторичная структура на рисунке. Третичная неизвестна.
 
Вторичная структура фрагмента RZ+ рибозима NC_003540.
Водородные связи спирали L1
  • 9-27
  • 10-26
  • 11-25
  • 12-24
  • 13-23
  • 14-22
Водородные связи спирали L2
  • 36-51
  • 37-50
  • 38-49
  • 39-48
  • 40-47
Водородные связи верхней спирали L3
  • 7-55
  • 6-56
  • 5-57
  • 4-58
  • 3-59
  • 2-60
  • 1-61
Водородные связи между спиралями (неканонические)
  • Неизвестны, нужно определить на основании сравнения (см. ниже)
  • С большой вероятностью:
    • a44 - u15
      • N6+2H6 - O2
      • N7 - H3+N3
    • a44 - u20 (классическая)
      • N6+1H6 - O4
      • N1 - H3+N3
    • с28-g33 (классическая)

Важные стэкинг взаимодействия между:

  • 27-28
  • 9-33
  • 35-53
  • 31-54 ?

Сравнение (выравнивание)Править

L3          * L1     L1c     L1     Center   L2    L2c    L2    *   L3
12345678901 2 345678 9012345 678901 2345678  9012  3456   789 0 123 45678901234 56789
gggagcccuGU C acCgga UGugcUu uccGgu CUGAUGA_ G_UCC gUGA__ GGA_C aAA ACagggcuccc gaauu
    aagagGU C ggCacc UGacgUc gguGuc CUGAUGAa GaUCC aUGAca GGAuC gAA ACcucuu
    1234567 8 901234 5678901 234567 89012345 67890 123456 78901 234 5678901

Совпадает:

  1. центральный участок соединяющий две петли CUGAUGA
  2. достаточно полно совпадает спираль L2 (но в ней имеются множество разрывов)
  3. есть совпадения в петле L1c (центр спирали L1)
  4. есть совпадения в главной петле (отмечено *)

Не совпадает:

  1. Часть спирали L1, за исключением петли
  2. Часть спирали L3, за исключением начала и главной петли

Таким образом, для сохранения третичной структуры (а значит и функций рибозима) важно совпадение петель между спиралями, в то время как сами спирали могут быть разными. Но не произвольно разными, а попарно замененными (хоть и не полностью, но преимущественно, чтобы образовывать классические пары g-c, a-u).